Trong tháng 12/2021, Yamaha đã tung ra phiên bản kỷ niệm 20 năm mẫu sport-tourer FJR1300 SA và A tại thị trường Nhật Bản. Điểm đáng chú ý trên mẫu xe này là toàn bộ dàn áo được sơn đen kết hợp với các điểm nhấn màu vàng. Đặc biệt, xe còn có sự xuất hiện của logo FJR 20th Anniversary Edition màu vàng nổi bật nằm trên bình xăng, đồng thời các đường chỉ khâu yên cũng lựa chọn màu vàng tương phản.
Ngoài ra logo FJR hai bên thân xe và cặp vành đúc 3 chấu cũng được sơn vàng. Trong khi nắp bình xăng, tay phanh, tay côn, gác chân và toàn bộ ốc đều được sơn đen. Tương tự phiên bản đặc biệt Ultimate tại châu Âu, những thay đổi của 20th Anniversary Edition cũng chỉ mang tính thẩm mỹ, còn về mặt kỹ thuật phía sau dàn áo không có thì thay đổi. Riêng phiên bản AS được trang bị hệ thống treo điện tử.
Yamaha tung ra phiên bản 20th Anniversary Edition như là một lời chia tay đối với FJR1300 tại thị trường Nhật Bản. Xe sẽ có mặt tại các đại lý từ ngày 10/2//2022, phiên bản AS sẽ được bán với mức giá 1.980.000 Yên (396 triệu đồng), còn bản A có giá là 1.650.000 Yên (330 triệu đồng). Cả hai được trang bị động cơ 4 xi-lanh DOHC, 16 van, dung tích 1.297cc cho công suất 147 mã lực tại 8.000rpm và mô-men xoắn 138Nm tại 7.000rpm thông qua hộp số 6 cấp và truyền chuyển động tới bằng sau bằng trục các-đăng.
Các trang bị trên cả hai phiên bản bao gồm hệ thống kiểm soát sang số YCC-S, hệ thống treo điện tử của KYB chỉ có trên bản AS gồm giảm xóc trước USD hành trình 135mm, giảm xóc sau monoshock hành trình 125mm, đèn pha LED thích ứng theo góc lái cùng xi-nhan tự tắt khi thoát cua nhờ bộ đo lường quán tính IMU. Ngoài ra còn có hệ thống sang số nhanh Quickshifter, kính gió trước chỉnh điện và bình xăng dung tích lớn 25 lít.
