Ngày 7.11.2012, Uỷ ban Kiểm tra Thành uỷ Hải Phòng có Quyết định số 117, kiểm tra dấu hiệu vi phạm đối với đại tá Nguyễn Bình Kiên, kết quả kiểm tra đã làm rõ:
Trong thời gian giữ chức vụ Phó Cục trưởng Cục An ninh tài chính, Tiền tệ, Đầu tư, ông Nguyễn Bình Kiên đã có hành vi vi phạm nghiêm trọng quy định công tác nghiệp vụ của ngành công an; xâm phạm đến quyền tự do cá nhân của công dân, ảnh hưởng xấu đến uy tín của ngành công an; vi phạm tư cách đảng viên; vi phạm đến 19 điều đảng viên không được làm và những điều cán bộ, chiến sĩ công an không được làm.
Trong quá trình làm việc với đoàn kiểm tra, ông Nguyễn Bình Kiên đã không nghiêm túc nhận thấy những sai phạm khuyết điểm của mình, không nghiêm túc kiểm điểm.
Đoàn kiểm tra đánh giá vi phạm của ông Nguyễn Bình Kiên là rất nghiêm trọng, cần phải thi hành kỷ luật nghiêm khắc.
Ngày 15.1, Thường vụ Thành uỷ Hải Phòng thống nhất quyết định thi hành kỷ luật ông Nguyễn Bình Kiên với hình thức khai trừ Đảng.