Tối 18.2, cổng thông tin điện tử Bộ Công an đã đăng một dòng thông tin ngắn với nội dung: "Đồng chí Thượng tướng Phạm Quý Ngọ, Ủy viên Trung ương Đảng, Thứ trưởng Bộ Công an do lâm bệnh nặng, đã từ trần vào hồi 21h05 ngày 18/02/2014 tại Bệnh viện Quân đội 108".
Đây là thông báo chính thức đầu tiên từ phía cơ quan nhà nước về cái chết đột ngột của ông Ngọ. Thông tin về ban tổ chức lễ tang và thời gian lễ viếng vẫn chưa được công bố.
Trong khi đó, khoa cấp cứu A11, bệnh viện Quân đội Trung ương 108, nơi Thượng tướng Phạm Quý Ngọ trút hơi thở cuối cùng được một số sĩ quan công an canh gác, kiểm tra nghiêm mật. Những người không có nhiệm vụ không được vào trong khu vực này.
Lúc 16 giờ 30 ngày 18.2, tim của tướng Phạm Quý Ngọ đã ngừng đập nhưng được các bác sĩ khoa A11 hồi sức tích cực, nên tim đã đập trở lại. Tuy nhiên, sau đó ông Ngọ đã không qua khỏi.
Theo quan sát của phóng viên, người nhà của tướng Ngọ đã chuyển tư trang của ông ra khỏi bệnh viện. Tại bệnh viện cũng xuất hiện rất nhiều xe mang biển kiểm soát 80B.
Vài năm trước, tướng Ngọ bị ung thư gan. Mặc dù đã được ghép gan nhưng sức khỏe của ông diễn biến theo chiều hướng xấu từ năm 2013.
Ông Ngọ có cuộc trả lời báo chí cuốc cùng vào ngày 7.1 và phủ nhận mình "không liên quan đến việc bỏ trốn của Duong Chí Dũng". Ông Ngọ cho rằng "Dũng khai là chuyện của anh ta, trách nhiệm của cơ quan điều tra là phải làm rõ chuyện này".
Trước đó, Dương Chí Dũng đã khai tại tòa rằng ông Ngọ chính là người mật báo cho mình trước khi có quyết định khởi tố mình vì những sai phạm trong vụ án tại Vinalines. Ông Dũng còn tố cáo ông Ngọ đã nhận của mình tổng cộng 510 ngàn USD để giúp "chạy án". Từ những lời khai trên, ngày 8.1, TAND TP Hà Nội đã khởi tố vụ án cố ý làm lộ bí mật nhà nước.