Ngày 5/9, tại cuộc họp báo thường kỳ Bộ Ngoại giao, thông tin về tình hình bảo hộ công dân trong bối cảnh siêu bão Yagi sắp tiến vào Việt Nam, Người Phát ngôn Bộ Ngoại giao Việt Nam Phạm Thu Hằng cho biết, ngay sau khi có công điện chỉ đạo của Thủ tướng, Bộ Ngoại giao đã chỉ đạo các cơ quan đại diện Việt Nam tại Trung Quốc và Philippines chủ động liên hệ với cơ quan chức năng sở tại, đề nghị tạo điều kiện cho các tàu thuyền của Việt Nam trú, tránh, hỗ trợ cứu người và sửa chữa tàu thuyền trong trường hợp cần thiết.
Đồng thời, Bộ Ngoại giao Việt Nam cũng đã gửi công hàm tới Đại sứ quán Trung Quốc tại Hà Nội, Đại sứ quán Philippines tại Hà Nội để đề nghị phối hợp với các cơ quan chức năng ở phía bạn hỗ trợ tàu thuyền của Việt Nam trong trường hợp cần thiết và cử cán bộ trực 24/24, kịp thời hỗ trợ liên hệ với các cơ quan trong và ngoài nước, ứng phó kịp thời với cơn bão số 3.
Bão Yagi hình thành từ một áp thấp nhiệt đới ngoài khơi của Philippines, mạnh lên thành bão vào đêm 1/9 và đi vào Biển Đông vào sáng 3/9. Trước khi vào Biển Đông, bão tàn phá khu vực miền Bắc và miền Trung của Philippines, gây mưa lớn, gió giật mạnh, khiến ít nhất 11 người thiệt mạng. 13h ngày 5/9, siêu bão Yagi mạnh cấp 16, giật trên cấp 17 với sức gió từ 184 đến 201km/h.
Ngày 5/9, Thủ tướng Phạm Minh Chính đã ký công điện chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương tập trung ứng phó khẩn cấp với cơn bão số 3, triển khai thực hiện quyết liệt kịp thời hiệu quả công tác phòng ngừa, ứng phó bão với tinh thần chủ động phòng ngừa ở mức cao nhất.