So với nguyên gốc CH-53 Sea Stallion, CH-53E Super Stallion có thay đổi đáng kể là tăng thêm 1 động cơ, 1 cánh quạt nâng và nghiêng trục quay của cánh quạt đuôi chừng 20 độ, giúp tăng độ tin cậy trong hoạt động.
CH-53E phục vụ trong Hải quân và Thủy quân Lục chiến Mỹ với nhiệm vụ cơ bản là trực thăng siêu tải, nó cho phép chuyên chở nhiều loại vũ khí hạng nặng như xe bọc thép bánh lốp LAV-25, lựu pháo 155 mm M198 cùng với toàn bộ đạn dược và pháo thủ.
Trong công tác thu hồi máy bay gặp tai nạn, Super Stallion có khả năng mang vác các loại phi cơ to bằng nó trở xuống, kể cả trực thăng vận tải CH-47 Chinook.
CH-53E Super Stallion có thể xem như một ứng viên sáng giá cho vị trí trực thăng vận tải hạng nặng của Hải quân đánh bộ Việt Nam, khi lực lượng này được trang bị tàu đổ bộ cỡ lớn.
