Khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang (trước đây có tên gọi là Khu bảo tồn biển Hòn Mun) được thành lập năm 2001, có diện tích khoảng 160 km2, bao gồm khoảng 38 km2 mặt đất và khoảng 122 km2 vùng nước xung quanh 9 đảo: Hòn Tre, Hòn Miễu, Hòn Tằm, Hòn Một, Hòn Mun, Hòn Cau, Hòn Vung, Hòn Rơm và Hòn Ngọc.
Nơi đây có hệ sinh thái đa dạng từ san hô, thảm cỏ biển, cho tới rừng ngập mặn, vùng đáy mềm hoặc vách đá, trong đó san hô cứng được ghi nhận tập trung nhiều ở Hòn Mun. Ngoài san hô, khu bảo tồn còn có nhiều loài cá rạn, thân mềm, giáp xác, da gai, rong và cỏ biển…
Tuy nhiên, thời gian gần đây nhiều người dân và du khách tỏ ra bất ngờ khi tham gia các tour lặn biển tại vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa vì những rạn san hô đẹp hút hồn ngày nào ở khu bảo tồn biển hiện nay trong tình trạng tan hoang, xơ xác.
Clip: Thực trạng san hô ở đảo Hòn Mun.
Theo Ban quản lý vịnh Nha Trang, cơn bão cuối năm 2017 đã làm san hô bị tàn phá một lần. Sau đó, san hô đã có dấu hiệu phục hồi. Tuy nhiên, đến cuối năm 2021, cơn bão số 9 đã đánh bay san hô lên bờ. Không chỉ nằm chết ở dưới biển mà san hô còn bị đánh bay lên bờ thành một bãi san hô chết trắng.
Ngoài tác động của bão, thì một số hoạt động xây dựng cơ sở hạ tầng ven biển, san lấp lấn biển trên các đảo trong vịnh Nha Trang dẫn đến lượng trầm tích trong nước tăng cũng tác động phần nào đến các hệ sinh thái rạn san hô tại các đảo.
Bên cạnh đó, về mặt quản lý tài nguyên và các nguyên nhân khác do con người tác động cũng ảnh hưởng ít nhiều đến san hô.