Theo cáo trạng, sáng 22/9/2013, trong khi vợ đi vắng, Trực để con trai nhỏ chơi với hai bé hàng xóm. Lúc này, thấy cháu Nguyễn Hồng T. (SN 12/1/2001) đạp xe ngang qua cổng, Trực rủ cháu T. vào phòng trọ của mình chơi.
Trực đưa cháu T. vào phòng trọ, đóng cửa lại rồi giở trò đồi bại với cháu gái. Cô bé 15 tuổi cố chống cự: "Bỏ tay ra, bỏ ra", nhưng Trực dùng tay bịt miệng cháu T. và thực hiện hành vi giao cấu.
Xong việc, hắn đưa cháu bé 50.000 đồng và nói: "Không được cho ai biết".
Cháu T. gật đầu rồi đi về nhà. Ngày hôm đó, thấy con có tiền, ăn ít cơm và có biểu hiện nói năng không bình thường, mẹ cháu T. đã gặng hỏi, lúc này T. mới òa khóc kể lại chuyện bị người đàn ông thuê trọ gần nhà cưỡng hiếp.
Tối hôm đó, cháu T. dẫn bố mẹ sang nhà trọ của Trực. Nhìn thấy Trực, cô bé khóc và gật đầu khi được người lớn hỏi: "Có phải thằng này không?" Ngay lúc đó Trực chối: "Không phải em, anh về hỏi lại cháu xem, nhầm với người khác rồi".
Sáng hôm sau, mẹ cháu T. đưa con gái đến công an tố cáo hành vi hiếp dâm của Trực.
Tại cơ quan điều tra, cháu T. khai, ngoài hành vi hiếp dâm kể trên, khoảng đầu tháng 8/2013, Trực đã có hành vi cưỡng hiếp cháu lần đầu cũng tại phòng trọ của Trực.
Chối tội
Tại đồn công an số 19 và tại công an huyện Từ Liêm, Trực khai nhận đã thực hiện hành vi hiếp dâm cháu T. Nhưng khi vụ án được chuyển đến Công an Hà Nội để điều tra theo quy định, Trực đã thay đổi lời khai và chối tội.
Trực khai rằng, các cán bộ đồn công an số 19 và Công an huyện Từ Liêm, Hà Nội đã đánh và ép cung, lấy kính cận nên bị can không nhìn rõ các nội dung ghi trong biên bản.
Tại phiên tòa sơ thẩm ngày 16/3/2014, Trực tiếp tục chối tội, không thừa nhận đã thực hiện hành vi hiếp dâm cháu T. như cáo trạng đã truy tố.
Nhưng căn cứ vào tài liệu, chứng cứ thu thập được trong quá trình điều tra vụ án và kết quả xét hỏi công khai tại tòa, TAND TP Hà Nội cho rằng đủ căn cứ kết luận Trực phạm tội Hiếp dâm trẻ em. HĐXX đã tuyên phạt Trực 13 năm tù giam.
Sau phiên xử, Trực đã làm đơn kháng cáo kêu oan.
Tại phiên phúc thẩm sau đó, TAND Tối cao nhận định: Lời khai của bị hại có mâu thuẫn về việc cháu T. sử dụng số tiền 50.000 đồng mà T. khai là do Trực đưa cho sau khi thực hiện hành vi hiếp dâm cháu.
Các lời khai của những người hàng xóm còn nhiều mâu thuẫn về thời gian nhưng chưa được làm rõ và cần thiết phải tiến hành thực nghiệm điều tra để làm rõ vụ án...
Vì các lẽ trên, HĐXX cấp phúc thẩm đã quyết định hủy bản án hình sự sơ thẩm để giải quyết lại theo thủ tục chung.
Quá trình điều tra lại vụ án, cơ quan điều tra tiến hành xác minh thu thập chứng cứ và cho dựng lại hiện trường vụ án.
Cơ quan điều tra cho rằng, lời khai của Trực tại đồn 19 và tại công an huyện Từ Liêm về hành vi hiếp dâm cháu T. phù hợp với lời khai của cháu T. và những người khác.
Các lời khai phù hợp với nhau về địa điểm, kiểu dáng, màu sắc quần áo, giường chiếu, đồ đạc trong phòng trọ của Trực, phù hợp với biên bản kiểm tra sơ bộ hiện trường do đồn 19 lập hồi 12h ngày 23/9/2015.
Đối với lời khai của bị cáo cho rằng- các cán bộ đồn công an số 19 và Công an huyện Từ Liêm, Hà Nội đã đánh và ép cung, lấy kính cận nên bị can không nhìn rõ các nội dung ghi trong biên bản, kết quả điều tra lại cho thấy: Cơ quan điều tra đã lập biên bản hỏi cung bị can Trực và có người làm chứng là một phạm nhân của trại T16 - Bộ Công an thì xác định Trực không dùng kính cận nhưng vẫn đọc và ký được biên bản bình thường.
Cơ quan điều tra đã xác minh đối với các cán bộ công an đồn 19, cán bộ điều tra viên công an huyện Từ Liêm, Hà Nội và cán bộ của VKSND huyện Từ Liêm là những người trực tiếp tham gia quá trình bắt giữ, điều tra, kiểm sát điều tra vụ án, kiểm sát nhà tạm giữ, đều được xác định không có ai đánh đập hoặc ép cung, mớm cung đối với Trực.
Trực chối tội, kêu oan với lý do bị đánh đập, ép cung, mớm cung để phải khai nhận tội là không có căn cứ.
Phiên tòa ngày 5/8 đã phải tạm hoãn khi bị cáo đột ngột từ chối luật sư chỉ định.