Các bị can trong vụ án gồm: Nguyễn Bích Quy (sinh năm 1964, nhân viên giám sát trên xe của Công ty Ngân Hà), Doãn Quý Phiến (sinh năm 1966, lái xe ô tô đưa đón học sinh Trường Tiểu học Gateway) bị Viện Kiểm sát quận Cầu Giấy truy tố về tội "Vô ý làm chết người" theo quy định tại Điều 128, khoản 1 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Còn bị can Nguyễn Thị Thủy (sinh năm 1990, Giáo viên chủ nhiệm lớp 1 Tokyo, Trường Tiểu học Gateway) bị truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 360, khoản 1 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng: Vào khoảng 6h ngày 6/8, Phiến điều khiển xe ô tô đón Nguyễn Bích Quy để đi đón 13 học sinh theo danh sách đến trường học. Trong đó, có cháu Lê Hoàng L (sinh ngày 13/6/2013, trú tại phố Trung Hòa, quận Cầu Giấy, Hà Nội - là học sinh lớp 1 Tokyo, Trường Tiểu học Gateway).
Đến 7h 22 phút cùng ngày, xe ô tô của Phiến chở 13 học sinh đến cổng phụ của Trường Tiểu học Gateway.
Khi dừng xe, Phiến vẫn ngồi ở vị trí ghế lái còn Nguyễn Bích Quy gọi các học sinh chuẩn bị xuống xe.
Sau đó, Quy là người xuống trước mở cửa xe ô tô cho các học sinh xuống. Lúc này, có 2 học sinh là chị em sinh đôi quấy khóc nên Quy một tay bế 1 cháu, còn tay kia dắt cháu thứ 2 xuống xe.
Khi các cháu học sinh đã xuống xe nhưng không có cháu Lê Hoàng L. Quy không kiểm tra xe ô tô mà đóng ngay cửa xe và đưa các học sinh vào trong sân trường.
Ngay sau khi Nguyễn Bích Quy đóng cửa xe, Doãn Quý Phiến tiếp tục lái xe đi về bãi gửi xe ký túc xá Học viên Báo chí và Tuyên truyền.
Tại đây, nam tài xế dừng xe, tắt máy, mở cửa bên ghế lái xuống xe, bấm khóa cửa tự động và rời khỏi bãi xe, không kiểm tra và vệ sinh trong ngoài xe.
Sau khi các cháu học sinh vào trường, Quy dẫn các cháu học sinh lên phòng ăn tầng 2 của nhà trường để ăn sáng.
Thực hiện xong công việc đưa đón học sinh, bà này quay trở về nhà và đến khoảng 16h cùng ngày thì quay trở lại Trường Tiểu học Gateway đưa các học sinh về nhà.
Khoảng 15h 30 phút cùng ngày, Phiến đến bãi gửi xe ký túc xá Học viên Báo chí và Tuyên truyền lấy xe ô tô đi đến Trường Tiểu học Gateway.
Trước khi khởi hành, ông ta không kiểm tra trong xe mà mở cửa bên lái (bên trái) để lên xe, khởi động xe khoảng 2 phút và điều khiển xe đến cổng chính Trường Tiểu học Gateway.
Lúc này, Quy đang tập trung các học sinh ở điểm chờ xe bus số 19 của trường và phát hiện thiếu cháu Lê Hoàng L. nên nhờ người đi tìm.
Khi bà ta mở cửa xe thì phát hiện cháu Lê Hoàng L. đang nằm dưới sàn phía sau ghế lái và đã tử vong.