Ở V-League 2016, trong trận đấu giữa CLB Than Quảng Ninh và CLB Sài Gòn tại vòng 9, khi trận đấu chỉ còn 3 phút nữa là khép lại, trọng tài Nguyễn Trọng Thư thổi "quả phạt đền tưởng tượng" mang về 3 điểm cho Than Quảng Ninh trong sự bức xúc của CLB Sài Gòn và người hâm mộ.
Thế nhưng may mắn cho trọng tài Thư là cũng vòng đấu đó, người đồng nghiệp Hà Anh Chiến mắc sai lầm nghiêm trọng trong trận đấu giữa SLNA gặp Thanh Hóa. Ông Chiến sau đó trở thành "con tốt thí" với truyền thông, còn con trai của Trưởng Ban Trọng tài Nguyễn Văn Mùi vẫn bình an vô sự.
Đến mùa giải 2017, trọng tài Thư lại trở thành tâm điểm trong trận đấu giữa CLB Long An và CLB TP HCM trên sân Thống Nhất nhưng chẳng ai có thể động vào quý tử của Trưởng Ban Trọng tài này.
V-League 2018 mới chỉ diễn ra 7 vòng đấu nhưng trọng tài Thư đã mắc nhiều sai lầm. Ông Thư bị phản ứng dữ dội nhất là trận XSKT Cần Thơ thua Hà Nội FC 0-3 trên sân nhà.
Phút 83 của trận đấu này, khi Hà Nội FC đang dẫn trước 1-0, cầu thủ Dyachenko bị phạm lỗi trong vòng cấm nhưng trọng tài Thư không cho đội chủ nhà XSKT Cần Thơ được hưởng phạt đền. Sau tình huống này, Hà Nội FC ghi thêm 2 bàn thắng nữa.
Những sai lầm của ông Thư khiến VPF quyết định ngừng hợp tác, không mời làm nhiệm vụ cùng với trọng tài Nguyễn Văn Kiên và Phó Ban Trọng tài Dương Văn Hiền. Đáng nói, một lần nữa ông Thư lại "hưởng lợi" từ sai lầm của đồng nghiệp.
Sai lầm của trọng tài Nguyễn Văn Kiên ở trận Sanna Khánh Hòa gặp HAGL là không thể bào chữa. Thế nên không ai phản pháo quyết định treo còi ông Kiên và "số phận" vị vua áo đen này đã an bài.
Còn với trọng tài Thư, bản thân ông khẳng định "không có chuyện dừng làm nhiệm vụ". Phó Ban Trọng tài Dương Văn Hiền cũng khẳng định điều tương tự về ông Thư. Thậm chí ông Hiền còn nói rằng: "Người ta (trọng tài Thư - PV) đã biết quay đầu rồi. Hãy ủng hộ đi". Như vậy, một lần nữa trọng tài Thư lại thoát hiểm thần kỳ nhờ vào sai lầm của đồng nghiệp.