Chỉ một mũi tên làm nên chuyện
Lúc này, vua Lý Cao Tông đã chạy ra ngoài kinh thành do loạn Quách Bốc. Cuốn sử biên niên khuyết danh làm thời nhà Trần Đại Việt sử lược chép: "Kỷ Tị (1209), mùa thu tháng 8, bọn đồ đảng ở Thuận Lưu của Trần Tự Khánh sung sướng về việc Phạm Bỉnh Di chết mới rầm rộ đốc xuất thuyền bè, quân lính tiến đánh kinh sư".
Ra quân lần này, quan Thuận Lưu của Trần Tự Khánh có lẽ muốn âm mưu đưa thái tử Sảm lên làm vua, nên mang theo cả hàng ngàn quân, vì Thái tử đang ở Hải Ấp – thuộc huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình ngày nay, đất của họ Trần.
Trong trận tập kích này, quân Thuận Lưu cho tiền quân đậu thuyền lại ở Đông Bộ Đầu rồi từ cửa hông ở phía bên trái mà tiến thẳng vào trong cung cấm cướp các đồ vật quí báu. Còn đại quân của họ đậu thuyền lại ở bến Thiên Hà, sắp muốn theo cửa Thiên Thu mà vào quán Vũ Sư.
Tuy nhiên trong kinh thành nguy khốn thì bỗng xuất hiện cứu tinh, đó là viên quan Liệt hầu tên là Cao Kha. Đại Việt sử lược mô tả: Cao Kha núp ở cái khung xe dùng cung bắn thẳng về phía toán quân đang nghênh ngang tiến vào như chỗ không người. Thấy mũi tên trúng vú một tên lính, Cao Kha không kiềm chế được vỗ tay cười la huyên náo.
Bất ngờ vì bị trúng tên, lại nghe tiếng cười khoái trá của Cao Kha, tưởng rơi vào ổ phục kích của quân triều đình, bọn sĩ tốt quân Thuận Lưu liền phá tan hàng lối vứt khí giới chạy theo hướng Bắc mà rút lui.
Tượng vua Lý Cao Tông
Thấy đội quân bộ hốt hoảng chạy về, đội quân ở trên thuyền lại tưởng là có quan quân đến đánh nên đều chèo thuyền rời bờ qua phía Bắc. Gió thổi mạnh, tất cả thuyền bè đều trôi giạt tản mát cả ra. Hai đội quân nghe tin ghe thuyền đã thất lạc mới bỏ chạy tán loạn cả.
Nhân lúc này, nhân dân ở kinh thành tập hợp nhau lại, đuổi theo giết chết hơn 300 tên tàn quân của đội quân Thuận Lưu.
Hành trạng của Cao Kha còn được ghi lại trong Đại Việt Sử ký toàn thư, ở sự kiện các cựu thần nhà Lý là Đỗ Quảng, Phí Liệt muốn hạ viên tướng từ vùng Hải Ấp mới gia nhập cung đình Tô Trung Từ. Tô Trung Từ biết trước mưu kế của các tướng này, đã dùng kế hoãn binh rồi âm thầm điều binh.
Đến hôm sau, Đỗ Quảng, Phí Liệt đúng như lời hẹn, họp lại ở Bí thư Các để đợi Trung Từ. Nhưng Tô Trung Từ đã đến đình Tứ Đạt trước, sai tỳ tướng là Đào Phán đem binh theo cửa nách phía bên phải mà vào đóng quân ở Sa Trì và ở Long Trì (thềm rồng), lại sai bộ tướng Nguyễn Tự và con rể là Nguyễn Ma La đóng quân ở cửa Thiên Thu.
Lúc đó, Quảng và Liệt vừa ăn cơm, nghe quan Liệt hầu Cao Kha vào báo việc Tô Trung Từ đã sắp đông quân để đánh, mới ném đũa mà đứng dậy cầm kích đến Long môn dòm xem thì thấy quân lính của Đào Phán đánh trống, reo hò. Quảng và Liệt tiến lên đánh lui được Đào Phán, nhân đó chạy đến cửa Thiên Thu mới thoát.
Cái chết gây ra sự biến
Về nhân vật Phạm Bỉnh Di mà cái chết gây ra sự biến này, thì ông vốn là viên hoạn quan được vua Lý Cao Tông tin dùng, có tài cầm quân, đã đánh tan các tướng quân cát cứ Phạm Du, Đoàn Thượng. Nhưng sau vua nghe lời dèm pha của Phạm Du, đã giết chết Phạm Bỉnh Di và con nuôi của Di là Phạm Phụ vào tháng 7 năm đó.
Nghe tin cha con Phạm Bỉnh Di bị giết, Quách Bốc là bộ tướng của Phạm Bỉnh Di, bèn sai quân sĩ đột nhập vào chỗ bệ đá trong điện Kim Tinh, khiến vua Cao Tông và anh em Phạm Du đã chạy trốn. Quách Bốc sai quân lấy xe ngự của vua chở xác Bỉnh Di, lấy chiếu ngự bọc xác của Phụ, theo cửa Việt Thành khiêng xuống bến Triều Đông an táng.
Việc vua Cao Tông phải rời cung thành đã khiến triều đình nhà Lý nghiêng ngả và cuối cùng mất quyền lực vào tay họ Trần chỉ một năm sau, khi vua Cao Tông qua đời (1210).
Theo Đại Việt sử ký toàn thư, được tin vua Cao Tông băng, "quan Minh tự ở Thuận Lưu là Trần Tự Khánh thống xuất thuyền bè và quân lính đóng ở bên Tế Giang để mời người cậu của y là Tô Trung Từ cùng đi viếng tang vua Cao Tông. Tô Trung Từ cũng ngờ Trần Tự Khánh hai lòng. Trần Tự Khánh bèn kéo quân về".
Sau này, khi Tô Trung Từ đã chết vì một lý do khá "lãng nhách" (sang Gia Lâm tư thông với công chúa Thiên Cực, bị chồng của công chúa là Vương Thượng giết chết), cuối cùng quyền lực cũng vào tay Trần Tự Khánh và anh cả là Trần Thừa, cùng người em họ là Trần Thủ Độ.
Và sau khi Trần Tự Khánh chết năm 1223, đến năm 1225, Trần Thủ Độ đã ép vua Lý Chiêu Hoàng nhường ngôi cho cháu mình là Trần Cảnh, khởi đầu triều đại nhà Trần.
(Tài liệu tham khảo: Đại Việt sử ký toàn thư và Đại Việt sử lược)