Khó khăn thứ nhất liên quan đến Phụ lục 2A (là báo cáo giải ngân khoản vay), một trong những nguyên nhân dự án đình trệ là TP.HCM chưa ký xác nhận báo cáo cho vay dự án theo mẫu phụ lục này để thực hiện thủ tục tái cấp vốn.
Về vấn đề này, UBND TP.HCM giao Trung tâm điều hành Chương trình chống ngập nước thành phố chủ trì, phối hợp Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tư pháp làm việc với Công ty TNHH Trung Nam BT 1547 khẩn trương nghiên cứu, rà soát, tham mưu đề xuất kiến nghị Ngân hàng Nhà nước về việc ký Phụ lục hợp đồng BT dự án theo đúng Quyết định số 2240/QĐ-NHNN ngày 08/11/2016 của Ngân hàng Nhà nước (như đề nghị của Công ty Trung Nam nhưng phải bằng văn bản).
Sau đó thành phố sẽ ủy quyền cho Trung tâm điều hành Chương trình chống ngập nước thành phố trực tiếp ký xác nhận báo cáo cho vay dự án theo mẫu Phụ lục 02A kèm Quyết định số 2240/QĐ-NHNN ngày 08 /11/2016.
Đồng thời khẳng định việc ký xác nhận báo cáo cho vay theo mẫu Phụ lục 02A là báo cáo giải ngân khoản vay cho dự án, chỉ là cơ sở để Ngân hàng Nhà nước giải ngân từ nguồn tái chiết khấu cho Ngân hàng Thương mại cổ phần đầu tư và phát triển Việt Nam - BIDV thực hiện cho vay vốn đối với dự án, không phải thành phố xác nhận nợ.
Nhà đầu tư phải chịu trách nhiệm hoàn toàn trong việc điều hành, sử dụng khoản vay, tổ chức thi công dự án theo đúng quy định tại Hợp đồng BT đã ký và các quy định hiện hành liên quan. Việc thanh quyết toán dự án hoàn thành thực hiện theo đúng quy định pháp luật.
Song song đó, UBND TP.HCM giao Trung tâm Điều hành Chương trình chống ngập nước thành phố phối hợp Sở Tài chính làm việc với Ngân hàng Nhà nước và Ngân hàng BIDV để bố trí buổi làm việc của UBND thành phố nhằm thống nhất nội dung kiến nghị trên và đề nghị tiếp tục thực hiện thủ tục tái cấp vốn cho Ngân hàng Thương mại cổ phần đầu tư và phát triển Việt Nam - BIDV, giải ngân khoản vay, tạo điều kiện cho dự án tái khởi động, tiếp tục triển khai thực hiện theo tiến độ quy định.
Đối với vấn đề nợ thuế của đơn vị Tư vấn giám sát hợp đồng giải quyết theo đúng kết luận của Thường trực UBND thành phố (sau báo cáo của Cục Thuế Thành phố và Sở Kế hoạch và Đầu tư). Trước đó Cục Thuế TP.HCM đã kiến nghị Sở KH&ĐT rút giấy phép của Công ty Meinhardt) do nợ thuế kéo dài.