Đáng chú ý là Tổng cục TDTT không cân đối kinh phí tiền ăn, tiền công, thuê chuyên gia với kinh phí phục vụ tập huấn cho VĐV, HLV, dẫn đến giao kinh phí tiền ăn, tiền công tăng so với dự toán năm 2015; trong khi kinh phí tập huấn vẫn giữ nguyên hoặc giảm dẫn đến phải rút ngắn thời gian tập huấn so với kế hoạch ban đầu.
Kiểm toán Nhà nước chỉ rõ đây là nguyên nhân làm giảm số dư kinh phí tiền ăn, tiền công tại các trung tâm huấn luyện thể thao quốc gia (HLTTQG) chuyển năm sau lớn hơn gần 13 tỉ đồng và các đơn vị này sử dụng một phần chi cho các nội dung như: đi lại, ở, phục vụ tập huấn và chi quản lý hành chính.
Về việc chi trả thưởng cho các VĐV, HLV, Kiểm toán Nhà nước kết luận thời gian ban hành các quyết định thưởng còn chậm, một số giải thi đấu diễn ra từ tháng 4 đến đầu tháng 9-2016 nhưng đến tháng 12-2016 mới có quyết định khen thưởng dẫn đến việc chi trả thưởng chưa kịp thời. Điều này dẫn đến chưa động viên, khuyến khích được tinh thần của các VĐV, HLV.
Nguyên nhân do một số trưởng bộ môn cung cấp hồ sơ chậm, thủ tục hành chính rườm rà. Ngoài ra, thủ tục chi trả thưởng chưa chặt chẽ, thiếu xác nhận của các địa phương hoặc đơn vị quản lý, HLV cơ sở.
Qua kiểm toán cho thấy chế độ tiền thưởng, tiền ăn, tiền công hiện tại còn thấp, theo chế độ quy định tại Quyết định số 31 của Thủ tướng ngày 6-6-2011 đến nay không còn phù hợp với bối cảnh kinh tế - xã hội đã có nhiều thay đổi, chỉ số giá tiêu dùng, mức lương cơ sở, mức lương tối thiểu vùng.
Kết luận kiểm toán nêu rõ Trung tâm Thể thao Ba Đình (Hà Nội) sử dựng hệ thống điều hòa trị giá hơn 9 tỉ đồng nhưng nhiều phòng tập bỏ trống, hằng năm vẫn phải bảo trì, bảo dưỡng gây lãng phí. Tại Trung tâm HLTTQG Hà Nội còn chia lẻ gói mua sắm bộ tạ cho các đội tuyển chưa đúng quy định…
Tại Bệnh viện Thể thao Việt Nam, các máy xét nghiệm và trang thiết bị y tế (nguyên giá hơn 2 tỉ đồng, giá trị còn lại gần 380 triệu đồng) của Khoa Xét nghiệm không hoạt động từ năm 2016 đến nay. Bệnh viện phải ký hợp đồng với Công ty TNHH Công nghệ và xét nghiệm Y học để thực hiện các xét nghiệm cho bệnh nhân, số tiền chi trả gần 1,5 tỉ đồng dẫn đến lãng phí, giảm hiệu quả sử dụng tài sản công.
Bệnh viện cũng không xây dựng và ban hành giá dịch vụ khám chữa bệnh theo quy định Thông tư của Bộ Y tế. Mức thu phí của một số dịch vụ khám chữa bệnh cao hơn quy định. Tổng số thu vượt là hơn 1,2 tỉ đồng. Nguyên nhân do công tác tổ chức cán bộ của khoa mất đoàn kết.
Ngoài ra, tại một số đơn vị quản lý và sử dụng ô tô dùng chung vượt định mức quy định (Trung tâm Thể thao Ba Đình 1 xe, văn phòng 3 xe), tuy nhiên số xe này đã hết giá trị ghi sổ kế toán…
Từ những tồn tại nêu trên, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Tổng cục TDTT nộp vào ngân sách nhà nước các khoản thuế và thu khác do Kiểm toán Nhà nước xác định tăng hơn 26 tỉ đồng. Chấn chỉnh công tác quản lý ngân sách, tiền và tài sản nhà nước; chấn chỉnh công tác lập, giao dự toán đúng quy định.
Bên cạnh đó, các trung tâm HLTTQG chấm dứt việc sử dụng tiền ăn, tiền công, tiền thuê chuyên gia để chi các hoạt động thường xuyên không đúng quy định. Đồng thời, kiểm điểm rút kinh nghiệm tập thể, cá nhân trong thực hiện nhiệm vụ thu kinh phí tiền ăn, ở của các đoàn thể thao nhưng không kịp thời nộp ngân sách nhà nước theo quy định.