Nguồn nước tiếp nhận nước thải là vùng nước biển ven bờ (xã Hải Yến, huyện Tĩnh Gia).
Vị trí công trình xử lý nước thải (nước thử thủy lực, súc rửa đường ống công nghệ trong Nhà máy và nước trung tính) trong giai đoạn thi công xây dựng Nhà máy Lọc hóa dầu Nghi Sơn) đặt trong khu đất được UBND tỉnh Thanh Hóa cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Vị trí xả nước thải vào mương thu gom chung của Nhà máy sau đó chảy ra cửa xả tại vùng biển ven bờ xả Hải Yến.
Lưu lượng xả nước thải trung bình là 2.250 mét khối/ngày đêm, theo phương thức tự chảy. Thời hạn của giấy phép này là 6 tháng (kể từ ngày 29/11/2016).
Trước đó, UBND cũng vừa cấp phép cho công ty này tiếp tục xả 33.000 mét khối nước thải súc rửa đường ống dẫn dầu ra biển còn lại từ hồi tháng 6/2016.
Đây là khối lượng nước thải bị cơ quan chức năng yêu cầu dừng xả thải để kiểm tra các thủ tục xả thải.