Trưởng thành từ lò đào tạo trẻ Hà Nội T&T, Duy Khánh bắt đầu được biết đến vào năm 2012 khi được triệu tập vào ĐT U19 Việt Nam tham dự các giải đấu quốc tế (giải U19 Đông Nam Á và vòng loại U19 châu Á).

Năm 2014, Duy Khánh được HLV Phan Thanh Hùng cất nhắc lên đội 1 Hà Nội T&T.

Trong mùa giải đầu tiên khoác áo đội bóng Thủ đô góp mặt ở giải đấu hạng cao nhất của bóng đá Việt Nam, Duy Khánh đã chơi khá thành công ở vị trí trung vệ với 9 lần được ra sân (5 lần ở đội hình xuất phát và 4 lần vào sân từ băng ghế dự bị).

Kết thúc V-League 2014, Duy Khánh được gọi vào đội tuyển Olympic Việt Nam tham dự ASIAD 17 tại Hàn Quốc.

Tại giải đấu này, trung vệ sinh năm 1994 này đã có màn trình diễn khá ấn tượng và góp phần giúp Olympic Việt Nam lần đầu tiên vượt qua vòng bảng với tư cách đội đứng đầu.

Sau giải đấu này, Duy Khánh nằm trong nhóm 11 cầu thủ U23 được HLV Miura triệu tập bổ sung cho ĐT Việt Nam chuẩn bị thi đấu tại AFF Cup 2014.

Đáng tiếc là pha va chạm trong trận đấu giao hữu giữa ĐT Việt Nam và U23 Bahrain trên SVĐ Thống Nhất vào ngày 29/10/2014 đã khiến Duy Khánh buộc phải chia tay ĐT Việt Nam vì đứt dây chằng gối.

Đồng thời lấy đi của Duy Khánh cơ hội để thể hiện mình tại AFF Suzuki Cup 2014, vòng loại giải U23 châu Á cũng như SEA Games 28

Mãi đến giữa tháng 7 vừa qua, sau hơn 8 tháng vắng bóng để điều trị chấn thương, Duy Khánh mới bình phục hoàn toàn và trở lại sân cỏ.

Tuy nhiên HLV Phan Thanh Hùng chưa vội sử dụng Duy Khánh ngay ở V-League 2015 mà chủ yếu “cất” anh trên ghế dự bị để có thời gian làm quen lại với nhịp độ thi đấu.

Và vòng chung kết giải U21 quốc gia vừa qua mới là giải đấu chính thức đầu tiên mà Duy Khánh tham dự.Tuy nhiên gần như ngay lập tức, Duy Khánh đã lấy lại được phong độ vốn có của mình.

Với chiều cao lý tưởng (1m83), nền tảng thể lực dồi dào, khả năng phán đoán tình huống tốt, chơi đơn giản nhưng hiệu quả, Duy Khánh thực sự trở thành hòn đá tảng ở hàng phòng ngự của U21 Hà Nội T&T ở giải đấu vừa qua.

Tài năng này góp phần quan trọng giúp đội bóng Thủ đô trở thành đội bóng để lọt lưới ít nhất giải (4 bàn).

HLV Phạm Minh Đức nhận xét rằng: “Duy Khánh đang trên đường trở thành một trung vệ đẳng cấp trong tương lai gần”.

Nếu chơi tốt tại giải U21 quốc tế báo Thanh niên sắp tới, Duy Khánh rất có thể sẽ được gọi trở lại ĐT U23 Việt Nam và sẽ là ứng cử viên sáng giá thay thế cho Quế Ngọc Hải (đang bị kỷ luật) ở ĐT U23 Việt Nam tại vòng chung kết giải U23 châu Á sắp tới.