Tuy chưa tìm được nguyên nhân chính xác nhưng có một số yếu tố dẫn đến tình trạng này như: có yếu tố di truyền, mẹ mắc các bệnh nhiễm trùng cấp trong 3 tháng đầu mang thai, cảm cúm, Rubella hoặc sống trong vùng có chất độc da cam/dioxin.
Ngoài ra, còn có thể do ảnh hưởng của chế độ dinh dưỡng khi mang thai, nếu người mẹ thiếu bổ sung các vitamin cũng làm thai nhi dễ mắc các dị tật. Theo bác sĩ Thái, trẻ sứt môi, hở hàm ếch thường bị viêm đường hô hấp trên, viêm mũi họng, ho, sốt, sổ mũi, thiếu cân, suy dinh dưỡng… nhiều hơn so với những trẻ khác do việc ăn uống, bú mẹ gặp khó khăn.
