Thống kê của Viện Pastuer TPHCM cho thấy, năm 2012 trên địa bàn 20 tỉnh thành phía Nam đã xảy ra 1.288 trường hợp phản ứng sau tiêm chủng. Trong đó, số ca bị phản ứng nhẹ là 1.266, có tới 22 trường hợp phản ứng nặng phải nhập viện cấp cứu trong đó có 6 ca tử vong.
Tổng kết chương trình tiêm chủng mở rộng tại khu vực phía Nam trong năm 2012 của Viện Pastuer, TPHCM cho thấy, chương trình này đang tồn tại nhiều lỗ hổng tạo nên những rủi ro cho trẻ khi đi tiêm chủng mở rộng.
Hiện, chương trình tiêm chủng mở rộng đang diễn ra tập trung vào khoảng thời gian từ 1 đến 5 ngày theo sắp xếp của từng địa phương. Hình thức tiêm chủng chủ yếu là tiêm ngoài trạm như nhà văn hóa của ấp hoặc trường học. Trong khi đó, hệ thống dây chuyền lạnh tại tuyến cơ sở đã xuống cấp, thiếu tủ lạnh chứa vắc xin trong các ngày tiêm chủng thường xuyên đe dọa đến sự an toàn của vắc xin trong quá trình vận chuyển và bảo quản.
Đáng lo ngại hơn, cán bộ tiêm chủng mở rộng tuyến huyện đa số là kiêm nhiệm nên ảnh hưởng xấu đến công tác triển khai chuyên môn, bên cạnh đó nhân lực tuyến xã thường xuyên thay đổi gây khó khăn cho việc tập huấn về thực hành tiêm chủng.
Theo nhận định của đại diện Viện Pastuer thực trạng nhân lực và trang thiết bị của chương trình tiêm chủng mở rộng đang tồn tại nhiều lỗ hổng bởi không ít cán bộ tỏ ra rất mơ hồ khi gặp trường hợp phản ứng sau tiêm chủng. Dù tình trạng phản ứng thuốc diễn ra không ít nhưng hiện nay chương trình tiêm chủng mở rộng còn thiếu số quản lý đối tượng và sổ theo dõi phản ứng sau tiêm.