Theo ước tính mới đây nhất, dự án F-35 sẽ ngốn của Mỹ 1,5 nghìn tỉ USD cho đến khi hoàn tất. Mức chi phí cho F-35 đang bị đội lên chất ngất và khó có khả năng hoàn thành theo đúng thời hạn. Tuy nhiên, kế hoạch chưa bị hủy bỏ.
Lầu Năm Góc và nhà thầu Lockheed Martin bắt tay hợp tác thực hiện chương trình máy bay chiến đấu tàng hình thế hệ thứ 5 này với ba biến thể: biến thể cất hạ cánh thông thường F-35A cho Không quân, biến thể cất hạ cánh thẳng đứng F-35B cho Lính thủy Đánh bộ và biến thể cất hạ cánh trên tàu sân bay F-35C cho Hải quân.
Theo đúng kế hoạch, Lầu Năm Góc chỉ phải bỏ ra 396 tỷ USD phát triển dòng máy bay này, bao gồm cả chi phí nghiên cứu phát triển. Tuy nhiên, Lầu Năm Góc không ngờ rằng chi phí sản xuất mỗi chiếc F-35 đã tăng từ 69 lên 137 triệu USD trong năm 2001.
Điều đáng sợ đối với Mỹ không phải là chi phí mua F-35 mà là khoản tiền vận hành và hỗ trợ chúng là 1.000 tỷ USD.
Điều đáng buồn đối với Mỹ là trong khi F-35 là một chương trình lớn, người ta đã từng mơ nó sẽ là chiếc máy bay có giá “hợp lý” nhưng Lầu Năm Góc sớm vỡ mộng F-35 giá rẻ từ lâu.
Dù có giá rất đắt nhưng F-35 gặp không ít lỗi kỹ thuật, trong năm 2011, F-35 gặp liên tiếp 2 sự cố về thiết bị điện trên máy bay.
Chiến đấu cơ tiềm năng F-35 Lightning II của Mỹ cũng không có khả năng chịu sét đánh. Do đó, nó bị cấm hoạt động tại các khu vực thường xuyên có dông và cấm tiếp cận đến những khu vực này trong phạm vi 40 km.
Chiến đấu cơ cũng có yếu điểm trong hệ thống tạo khí trơ (OBIGGS), chịu trách nhiệm nạp khí trơ vào các thùng nhiên liệu đã rỗng và giữ nồng độ oxy thấp trong đó.
Trong quá trình bay thử nghiệm, F-35 cũng xuất hiện những vết nứt bên dưới thân máy bay.
Hệ thống móc hãm để máy bay có thể đáp xuống tàu sân bay cũng gặp vấn đề.
Mũ bảo hiểm cao cấp dành cho phi công lái F-35 có khả năng xem dữ liệu từ các cảm biến của máy bay. Tuy nhiên, nó còn gặp hạn chế đối với phi công trong tầm nhìn ban đêm, chậm trong việc hiển thị dữ liệu.
F-35 cũng gặp vài vấn đề khi yểm trợ trong cự ly gần cho lực lượng không quân.
Trước những trục trặc kỹ thuật này, mối quan hệ giữa nhà thầu Lockheed Martin và Lầu Năm Góc đang ngày càng xấu đi và trở nên tồi tệ nhất từtrước đến nay.