Cách đây hơn 20 năm, do mâu thuẫn về tranh chấp ruộng đất giữa hai miền Nhân Phúc và Thanh Nga thuộc xã Phú Phúc, huyện Lý Nhân, tỉnh Nam Hà (cũ), nên khoảng 13 giờ ngày 29-11-1992, nhân dân 2 miền đã xảy ra xô xát, ném gạch đá lẫn nhau. Trong thời gian 2 bên xô xát, Trần Văn Vót (là Bí thư chi bộ 4 Lý Nội, Nhân Phúc) đã đưa cho Trần Ngọc Thanh 1 quả lựu đạn để ném về phía dân miền Thanh Nga.
Do lần đầu tiên ném lựu đạn, nên Trần Ngọc Thanh đã ném lựu đạn vào tốp người miền Nhân Phúc, làm 1 người chết, 21 người bị thương.
Sau đó, ngày 7-2-1993, Trần Ngọc Thanh nhập ngũ tại Trung đoàn 139 Bộ Tư lệnh thông tin.
Ngày 12-2-1993, Thanh tự thú với cán bộ chỉ huy cấp Tiểu đội, Trung đội, Đại đội của Trung đoàn 139 về hành vi ném lựu đạn ngày 29-11-1992 và khai Trần Văn Vót là người đưa lựu đạn cho Thanh ném.
Quá trình điều tra vụ án, Trần Văn Vót không thừa nhận hành vi đưa lựu đạn cho Trần Ngọc Thanh.
Quá trình giải quyết vụ án, TAND tỉnh Nam Hà đã đưa ra xét xử ngày 26-2-1994 và xử phạt Trần Văn Vót tù chung thân về tội “giết người”, 10 năm tù về tội “Phá hoại việc thực hiện các chính sách kinh tế xã hội”, 2 năm tù về tội “Tàng trữ vũ khí trái phép”, 3 năm tù về tội “Gây rối trật tự công cộng”, tổng hợp hình phạt chung là tù chung thân; xử phạt Trần Ngọc Thanh 15 năm tù về tội “Giết người”.
Sau khi xét xử sơ thẩm, Trần Văn Vót kháng cáo kêu oan và Trần Ngọc Thanh kháng cáo xin giảm hình phạt.
Bản án phúc thẩm số 1030 ngày 27-8-1994 của Tòa phúc thẩm TAND tối cao giữ nguyên hình phạt đối với Thanh, thay đổi tội danh và giảm hình phạt cho Vót từ tội “Phá hoại việc thực hiện các chính sách kinh tế xã hội”, sang tội “Vi phạm các quy định về quản lý và bảo vệ đất đai”, giữ nguyên các hình phạt và tội danh khác đối với Vót.
Đại diện Tòa án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Bộ Công an tại cuộc họp báo
Sau khi xét xử phúc thẩm, Tòa án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã nhân được đơn khiếu nại của Trần Ngọc Thanh, ông Trần Ngọc Thông và bà Trần Thị Tân (là bố mẹ của Trần Ngọc Thanh), ông Trần Văn Vấn (bố của Trần Văn Vót).
Tại công văn số 263/HS ngày 10-8-1995, Phó Chánh án TAND tối cao trả lời ông Trần Ngọc Thông và bà Trần Thị Tân với nội dung:
Việc Trần Ngọc Thanh tự thú là hoàn toàn tự giác, không có ai ép buộc, không có việc uống rượu say dẫn đến khai sai sự thật.
Tại Cơ quan Công an cũng như tại Viện KSND tỉnh Nam Hà, Thanh đều khai nhận tội của mình và thừa nhận không hề bị cán bộ đánh đập hoặc ép cung.
Việc ông bà nại rằng người ném lựu đạn chiều 29-11-1992 là Trần Văn Cự ở thôn Thanh Nga là không có cơ sở.
Do đó, TAND tối cao khẳng định, việc Trần Ngọc Thanh bị xử phạt 15 năm tù về tội giết người là đúng pháp luật, không oan.
Đến năm 2000, sau khi tiếp tục nhận được đơn khiếu nại của bố mẹ Thanh và gia đình bị hại Trần Văn Việt cho rằng việc điều tra vụ án không khách quan, dẫn đến kết tội oan cho Trần Ngọc Thanh và Trần Văn Vót, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao khẳng định: TAND các cấp kết án Trần Văn Vót, Trần Ngọc Thanh về tội “Giết người” là có căn cứ, không oan.
Đến ngày 1-6-2015, Văn phòng Chủ tịch nước đã có công văn 853 thông báo ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch nước: yêu cầu Chánh án TAND tối cao và Viện trưởng VKSND tối cao chỉ đạo xem xét lại vụ án, giải quyết theo đúng quy định của pháp luật.
Sau đó, TAND tối cao tiếp tục nhận được công văn của Thủ tướng Chính phủ chuyển đơn của đại biểu Quốc hội Nguyễn Lân Dũng cũng với nội dung xem xét lại vụ án.
Kèm theo kiến nghị của đại biểu Quốc hội Nguyễn Lân Dũng là đơn khiếu nại của ông Trần Anh Điền-bố của bị hại Trần Văn Việt, đề nghị xem xét lại vụ án với lý do Trần Văn Vót không đưa lựu đạn cho Trần Ngọc Thanh, Thanh không ném lựu đạn.
Ngày 31-7-2015, tại cuộc họp liên ngành do Phó Chánh án TAND tối cao Nguyễn Sơn chủ trì, với sự tham dự của Thứ trưởng Bộ Công an Lê Quý Vương và đại diện các đơn vị chức năng thuộc Bộ Công an, Viện KSND tối cao đã thống nhất thành lập Tổ chuyên viên liên ngành để nghiên cứu lại vụ án, xác minh các vấn đề liên quan. Sau đó, Ủy ban Tư pháp của Quốc hội cũng nhiều lần chuyển đơn kiến nghị của GS.TS Nguyễn Lân Dũng và các luật sư đề nghị xem xét lại vụ án này.
Đến ngày 21-4-2016, Phó Thủ tướng Chính phủ Trương Hòa Bình cũng đề nghị lãnh đạo Tòa án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Bộ Công an xem xét sớm vụ án này.
Ngoài ra, nhiều đại biểu Quốc hội cũng có văn bản chuyển đơn khiếu nại liên quan đến vụ án này.
Ngày 19-10-2016, liên ngành Tòa án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Bộ Công an khẳng định: sau khi nghiên cứu lại toàn bộ vụ án, làm việc với những người có mặt tại hiện trường, những người liên quan, lãnh đạo Trung đoàn 139 Bộ Tư lệnh thông tin, phóng viên các báo đài có đưa tin về vụ án…kết quả tổng hợp các vấn đề đã được thẩm định, xác minh, các cơ quan tiến hành tố tụng ở Trung ương đã kết luận: các căn cứ mà Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm áp dụng để kết tội Trần Văn Vót và Trần Ngọc Thanh, về tội “Giết người” là có căn cứ, đúng pháp luật, không oan.