Trong những năm 1959 - 1960, bại liệt bùng phát thành dịch lớn tại các tỉnh phía Bắc, với khoảng 17.000 người mắc bệnh và hơn 500 người thiệt mạng. Mỗi năm có hàng chục ngàn trẻ em bị di chứng liệt suốt đời.
Tỷ lệ mắc lên tới 126,44/100.000 dân.
Để phòng chống bệnh bại liệt, Bộ trưởng Bộ Y tế Phạm Ngọc Thạch thời điểm đó chỉ đạo Việt Nam phải nghiên cứu sản xuất được vắc xin phòng bệnh...
Dưới sự chỉ đạo của GS. Hoàng Thuỷ Nguyên, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương sản xuất thành công vắc xin Sabin phòng bệnh bại liệt ở Việt Nam vào năm 1962.
Nhờ có lượng vắc xin sản xuất trong nước, bệnh bại liệt đã không bùng phát thành những vụ dịch lớn trong suốt thập kỷ 60 và 70 của thế kỷ XX, tỷ lệ mắc bại liệt dao động khoảng 3/100.000 dân và giảm rõ rệt khi Chương trình Tiêm chủng mở rộng (TCMR) được triển khai.
Từ năm 1985, vắc xin bại liệt uống do Việt Nam sản xuất được đưa vào Chương trình TCMR cho trẻ em dưới 1 tuổi trên cả nước.
Từ năm 1990, tỷ lệ trẻ em dưới 1 tuổi được uống đủ 3 liều vắc xin bại liệt trong tiêm chủng thường xuyên ở Việt Nam liên tục đạt trên 90%.
Việc duy trì tỷ lệ trẻ dưới 1 tuổi uống đủ 3 liều vắc xin bại liệt trên 90% trong suốt thời kỳ 1993 -2000 là cơ sở vững chắc để Việt Nam thanh toán bệnh bại liệt...
Với uy tín lớn của mình, Giáo sư Hoàng Thủy Nguyên vận động thành công các tổ chức quốc tế như WHO, UNICEF, Rotary, JICA, Chính phủ Nhật Bản, Anh, Chính phủ Thụy Điển, Hà Lan, Ý... tài trợ cho các chiến dịch trong khoảng thời gian từ 1993-1997.
Đây là nguồn lực cực kỳ quan trọng giúp cho triển khai thành công các hoạt động thanh toán bệnh bại liệt trong điều kiện nước ta còn nghèo.
Từ năm 2000 đến nay, Giáo sư là Chủ tịch Ủy ban quốc gia xác nhận thanh toán bại liệt của Việt Nam.
Sau năm 1954, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương do GS. Hoàng Thủy Nguyên là Viện trưởng phát triển ngành sản xuất vắc xin để chủ động phòng chống một số bệnh truyền nhiễm.
Trong giai đoạn này, Việt Nam sản xuất đuợc nhiều loại vắc xin như đậu mùa, tả, thương hàn, ho gà, giải độc tố bạch hầu, BCG, vắc xin phòng dại v.v... Đặc biệt, năm 1962, Việt Nam sản xuất thành công vắc xin phòng bệnh bại liệt.
Với sự chỉ đạo của GS. Hoàng Thủy Nguyên, Việt Nam hình thành mạng lưới các cơ sở sản xuất vắc xin, sản xuất được nhiều loại vắc xin quan trọng như: Vắc xin viêm gan B, viêm não Nhật Bản, Tả, vắc xin dại, vắc xin DPT, BCG, AT, Thương hàn, vắc xin bại liệt, xây dựng cơ sở sản xuất vắc xin sởi...
GS.TSKH.TTND. Hoàng Thủy Nguyên, sinh ngày 18/3/1929, là Giáo sư đầu ngành về lĩnh vực Y tế Dự phòng được gọi là "ông tổ" của ngành vắc xin Việt Nam. GS.Hoàng Thủy Nguyên từ trần vào hồi 11h40, ngày 20/7/2018.
Lễ viếng GS.Hoàng Thủy Nguyên được tổ chức từ 7h30 - 8h45, lễ truy điệu vào lúc 8h45 ngày 23/7/2018, tại Nhà tang lễ Quốc gia, số 5 Trần Thánh Tông, Hà Nội.
Hỏa táng tại Đài hóa thân Hoàn vũ cùng ngày và an táng tại nghĩa trang quê nhà phường Đông Ngạc, quận Bắc Từ Liêm, Hà Nội.
GS. Hoàng Thủy Nguyên là nhà khoa học đầu ngành y học dự phòng của Việt Nam.
Cuộc đời và sự nghiệp của ông gắn liền với quá trình phát triển của hệ thống y học dự phòng. Giáo sư đặt nền móng cho nền sản xuất vắc xin của Việt Nam, người có công lớn trong việc phát triển hệ thống y tế dự phòng.
Với nhiều nỗ lực trong sự nghiệp nghiên cứu khoa học, Ông được Đảng, Nhà nước trao tặng nhiều giải thưởng cao quý: Anh hùng Lao động, Giải thưởng Hồ Chí Minh, Huân chương Độc lập hạng Nhì, Huân chương Kháng chiến chống Pháp hạng Ba, Huân chương Kháng chiến chống Mỹ cứu nước hạng Nhất, Huân chương Chiến thắng hạng Ba, Huân chương Lao động hạng Ba, danh hiệu "Thầy thuốc Nhân dân", giải thưởng Trần Đại Nghĩa, Huy hiệu 55 năm tuổi Đảng.