Ông Nguyễn Văn Thọ sinh năm 1972, quê Hải Dương. Trước khi sang lĩnh vực Hải quan, ông Thọ có thời gian 12 năm công tác trong quân đội.
Ông Nguyễn Văn Thọ được bổ nhiệm làm Tổng cục trưởng Hải quan từ 1/9.
Từ năm 2002-2014, ông công tác tại Cục Điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan và được bổ nhiệm giữ chức Phó Cục trưởng Điều tra chống buôn lậu vào tháng 10/2014.
Tháng 7/2018, ông được bổ nhiệm giữ chức Vụ trưởng Vụ tổ chức cán bộ.
Tháng 9/2021, ông được bổ nhiệm giữ chức Phó Tổng cục trưởng Hải quan.
Cùng với quyết định bổ nhiệm tân Tổng cục trưởng Hải quan , Bộ Tài chính trao quyết định nghỉ hưu theo chế độ đối với ông Nguyễn Văn Cẩn, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.