Theo cáo trạng, có nhiều hành vi có dấu hiệu tội phạm được tách ra để tiếp tục điều tra xử lý ở giai đoạn 2.
Thứ nhất, đối với các cá nhân, tổ chức kinh tế gửi và nhận các khoản tiền ngoài lãi suất huy động từ các đơn vị của Oceanbank, tài liệu điều tra xác định: Trong thời gian từ năm 2011- 2014, có 51.468 cá nhân và 392 tổ chức kinh tế gửi tiền tại Oceanbank và nhận các khoản tiền chi lãi ngoài lãi suất hợp đồng tiền gửi, sổ tiết kiệm do Oceanbank chi trả.
Các khoản tiền này xuất phát từ hành vi vi phạm pháp luật của Hà Văn Thắm và các đồng phạm.
Thực hiện điều tra mở rộng, cơ quan Công an đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và bắt tạm giam đối với Trần Đức Chính, nguyên kế toán trưởng Tổng công ty công nghiệp tàu thủy VN về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Đối với PVN và các công ty con thuộc PVN, Cơ quan điều tra đã khởi tố điều tra làm rõ hành vi nhận tiền chi lãi ngoài của Nguyễn Xuân Sơn để xử lý trong vụ án này, số còn lại, Cơ quan điều tra đang tiếp tục làm rõ để xử lý.
Trước khi ông Ninh Văn Quỳnh (nguyên kế toán trưởng, nguyên Phó TGĐ PVN) bị bắt, Cơ quan CSĐT đã được yêu cầu làm rõ vai trò, trách nhiệm của ông này theo lời khai của Nguyễn Xuân Sơn.
Thứ hai, đối với hành vi, trách nhiệm liên quan đến việc góp vốn của cổ đông có vốn Nhà nước vào Oceanbank, mà cụ thể là PVN góp 800 tỷ đồng đến nay không có khả năng thu hồi do Oceanbank bị NHNN mua với giá 0 đồng, dẫn tới các đơn vị này bị lỗ số tiền góp vốn.
Ngoài ra, đối với công ty CP đầu tư và xây dựng Sông Đà góp 266 tỷ đồng đến nay cũng không có khả năng thu hồi cũng cần được làm rõ.
Thứ ba, về số tiền Oceanbank sử dụng từ tài khoản Vũ Thị Thùy Dương để hoàn ứng và chi lãi ngoài huy động vốn.
Trong chuyện này, Hà Văn Thắm là người ra chủ trương, chỉ đạo cấp dưới thực hiện ký kết các hợp đồng khống hoặc nâng khống với các đối tác, trong đó Thắm giao Lê Thị Thu Thủy (nguyên Phó TGĐ Oceanbank) tổ chức thực hiện và theo dõi, giám sát việc thu tiền từ việc ký kết các hợp đồng khống này.
Thứ tư, hành vi lập khống 9 hồ sơ vay 137 tỷ đồng tại Oceanbank, Phòng giao dịch Đào Duy Anh, Chi nhánh Hà Nội để chuyển vào tài khoản của một công ty do Thắm nắm 99% cổ phần .
Thắm đã nhận và dùng toàn bộ số tiền này để trả nợ của khoản vay khác của anh ta. Liên quan đến khoản vay này có Nguyễn Việt Hà (giám đốc Phòng giao dịch Đào Duy Anh), Trần Trung Kiên (Trưởng phòng giao dịch Đào Duy Anh) và Nguyễn Anh Tuấn (cán bộ tín dụng).
Thứ năm, đối với các khoản vay khác có dấu hiệu vi phạm như: khoản vay của 8 khách hàng gồm công ty TNHH Bất động sản TNN; công ty CP Tập đoàn Vina Megastar; công ty CP Nam Định; công ty CP Sân golf Ngôi sao Chí Linh; công ty CP Đầu tư Toàn Việt và công ty CP Tư vấn đầu tư xây dựng và Kinh doanh nhà.
Các khách hàng này có tổng dư nợ (nhóm 5) tính đến ngày 31/3/2016 là hơn 2.652 tỷ đồng.
Ngoài ra, Cơ quan điều tra đang yêu cầu Oceanbank rà soát, đánh giá, làm rõ tình trạng các khoản vay khác và xác định khả năng trả nợ của khách hàng, yêu cầu thu hồi nợ trước hạn và phối hợp với Đoàn giám định NHNN xác định hậu quả đối với từng khoản vay (không có khả năng thu hồi).
Đối với 5 nội dung nêu trên, do thời hạn điều tra đã hết, Cơ quan CSĐT, Bộ Công an quyết định tách ra, tiếp tục điều tra mở rộng và có hình thức xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật vào giai đoạn 2 của vụ án.