Theo kết luận, trong khoảng thời gian trên, Tổng Thanh tra Chính phủ đã quyết định bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo, quản lý đối với 48 trường hợp, gồm 15 trường hợp cấp Vụ và tương đương, 33 trường hợp cấp Phòng; điều động, bổ nhiệm ngang cấp 9 trường hợp, gồm 8 trường hợp cấp Vụ và tương đương, 1 trường hợp cấp Phòng; bổ nhiệm lại 21 trường hợp, gồm 16 trường hợp cấp Vụ và tương đương, 5 trường hợp cấp Phòng; kéo dài thời gian giữ chức vụ lãnh đạo đến thời điểm đủ tuổi nghỉ hưu 4 trường hợp, gồm 2 trường hợp cấp Vụ và tương đương, 2 trường hợp cấp Phòng.
Thanh tra Chính phủ đã áp dụng các văn bản của Đảng, pháp luật của nhà nước và quy chế của Thanh tra Chính phủ để thực hiện quy hoạch chức danh lãnh đạo, quản lý trong từng giai đoạn và thực hiện trình tự, điều kiện, tiêu chuẩn bổ nhiệm, bổ nhiệm lại…
Tuy nhiên, kết luận thanh tra chỉ rõ, có một quyết định điều động, bổ nhiệm không ghi thời hạn giữ chức vụ; 3 trường hợp ban hành quyết định bổ nhiệm lại chậm so với quy định tại Nghị định số 24 của Chính phủ.
Ngoài ra còn có 2 trường hợp điều động, bổ nhiệm ngang cấp tại 2 đơn vị vượt quá số lượng cấp phó so với quy định tại khoản 4, điều 15, Nghị định 36 của Chính phủ, quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ.
Đối với trường hợp được điều động giữ chức vụ Phó Trưởng ban Tiếp công dân Trung ương, do tính chất công việc đặc thù, phức tạp, Ban Tiếp công dân Trung ương đã báo cáo, đề nghị cấp có thẩm quyền bổ sung thêm một Phó trưởng ban; đối với trường hợp được điều động giữ chức vụ Phó Cục trưởng Cục Giải quyết khiếu nại tố cáo và thanh tra khu vực II (Cục II) để thực hiện việc sắp xếp nhân sự chuẩn bị Đại hội Đảng bộ Thanh tra Chính phủ.
Bộ Nội vụ kiến nghị Tổng Thanh tra Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với các hạn chế, tồn tại trong thực hiện trình tự điều động, bổ nhiệm, bổ nhiệm lại để khắc phục, thực hiện đúng quy định trong thời gian tiếp theo; không thực hiện việc bổ nhiệm tại các đơn vị đã có đủ số lượng cấp phó.
Trước đó, báo chí đã lên tiếng phản ánh nhiều về việc bổ nhiệm cán bộ cuối nhiệm kỳ của Tổng Thanh tra Chính phủ Huỳnh Phong Tranh.
Sau đó, Bộ Nội vụ đã thành lập đoàn kiểm tra, làm rõ việc tổ chức, bổ nhiệm cán bộ tại Thanh tra Chính phủ cuối nhiệm kỳ qua.