Theo hồ sơ vụ án, vào tháng 3/2006, ông Nguyễn Trần bị bắt tạm giam để điều tra vụ án hiếp dâm trẻ em. Sau đó, tội danh của ông được Viện KSND tỉnh thay đổi thành tội giao cấu với trẻ em.
Tại các phiên tòa xét xử, ông Trần đã phản cung và kêu oan. Tòa án nhân dân tỉnh Đồng Nai đã yêu cầu điều tra lại. Nạn nhân trong vụ án này mang thai, sau khi sinh con đã được giám định AND. Kết quả, ông Trần không phải cha ruột đứa bé.
Ngày 24/12/2007, Viện KSND tỉnh ra quyết định hủy bỏ tạm giam, cấm đi khỏi nơi cư trú đối với ông Trần.
Do đã hết thời hạn điều tra mà không chứng minh được hành vi phạm tội, nên tháng 3/2008, Công an tỉnh Đồng Nai ban hành quyết định đình chỉ điều tra bị can. Suốt 10 năm qua, ông Trần liên tục kêu oan, yêu cầu bồi thường thiệt hại.
Tại buổi xin lỗi, đại diện Viện KSND tỉnh Đồng Nai thừa nhận, việc truy tố oan sai đã gây thiệt hại cho ông Nguyễn Trần về vật chất và tinh thần, làm ảnh hưởng đến uy tín và danh dự của ông.
Viện KSND tỉnh xin nhận khuyết điểm và thành thật xin lỗi ông Nguyễn Trần và xem đây là bài học kinh nghiệm trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, không để xảy ra tình trạng oan sai tương tự.
Riêng việc bồi thường thiệt hại, Viện KSND tỉnh sẽ thực hiện sau khi có quyết định xét xử của Tòa án Nhân dân huyện Xuân Lộc, vì ông Nguyễn Trần đã có đơn khởi kiện Viện KSND tỉnh tại Tòa án Nhân dân huyện Xuân Lộc.