Ở vòng 1 MLS Cup 2024, Inter Miami của Messi chạm trán đối thủ Atlanta United. Theo quy định của BTC, 2 đội đá theo thể thức "3 trận thắng 2'' để tìm đội giành quyền vào vòng tiếp theo. Sau 2 trận đầu tiên, mỗi đội thắng 1 trận và cuộc đọ sức quyết định diễn ra sáng 10/11 trên sân của Inter Miami.
Với lợi thế sân nhà, Messi cùng các đồng đội khởi đầu khá tốt và có bàn mở tỷ số ở phút 17. Siêu sao người Argentina dứt điểm trong vòng cấm không thắng được thủ môn Guzan nhưng Rojas đã kịp băng vào đá bồi cận thành tung lưới Atlanta United.
Tuy nhiên, lợi thế mà Inter Miami nắm giữ không duy trì được lâu khi hàng phòng ngự thi đấu quá lỏng lẻo. Chỉ trong 2 phút từ 19 đến 21, chân sút người Senegal - Thiare tận dụng rất tốt sai sót của các hậu vệ Inter Miami để ghi liền 2 bàn thắng, giúp Atlanta United nhanh chóng lật ngược tình thế.
Sau những bàn thua chóng vánh, Inter Miami dồn đội hình lên tấn công nhằm tìm bàn gỡ nhưng cũng phải đến phút 65 mới thành công. Weigandt băng xuống cánh phải treo bóng vào trong, Messi chạy chỗ rồi bật lên đánh đầu dũng mãnh không cho thủ môn Guzan cơ hội cản phá.
Dù vậy, hàng thủ hớ hênh một lần nữ khiến Inter Miami phải trả giá. Phút 77, hậu vệ đội chủ nhà bất ngờ nằm ra sân dù không va chạm với ai, tiền đạo Slisz bên phía Atlanta United tận dụng cơ hội để ghi bàn nâng tỷ số thành 3-2.
Đến lúc này, Messi không thể gồng gánh Inter Miami đến bàn gỡ 3-3 và đội bóng của Chủ tịch Beckham đành chấp nhận bị loại ngay vòng 1 của MLS Cup.