Ngày 31/8/2017, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tống đạt quyết định khởi tố điều tra đối với ông Ninh Văn Quỳnh (Phó Tổng Giám đốc) và một số nguyên cán bộ Tập đoàn về tội danh "Cố ý làm trái các quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng".
Ngay lâp tức, trên trang web chính thức, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam đã đăng tải thông báo cùng bức tâm thư của tổng giám đốc Nguyễn Vũ Trường Sơn về vụ việc này. Theo đó, PVN cho biết tập đoàn đã và đang đang tích cực phối hợp với các cơ quan chức năng trong quá trình làm rõ vụ việc có liên quan để phục vụ hoạt động điều tra đối với việc góp vốn của Tập đoàn vào Ngân hàng Thương mại Cổ phần Đại Dương (Ocean Bank) trong giai đoạn trước đây.
Khẳng định việc thực hiện tố tụng của cơ quan pháp luật không ảnh hưởng tiêu cực đến hoạt động sản xuất, kinh doanh và đầu tư của tập đoàn, đơn vị này cũng cho biết đã triển khai thủ tục đình chỉ công tác tới cựu Phó tổng giám đốc, phân công lại nhân sự để ổn định việc điều hành. Tập đoàn cũng mong muốn nhận được sự chia sẻ cảm thông của dư luận với sự việc này.
"Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam mong muốn được dư luận chia sẻ, cảm thông với những khó khăn khách quan và chủ quan của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam trong thời gian qua và tiếp tục ủng hộ tập thể người lao động Dầu khí vượt qua giai đoạn khó khăn, vững bước phát triển".
Cùng với đó, trong bức tâm thư ký tên của CEO Nguyễn Vũ Trường Sơn, lãnh đoạ PVN cho rằng những khó khăn thách thức khách quan cùng việc một số cán bộ, nguyên cán bộ bj khởi tố đã "tác động sâu sắc đến tâm tư, tình cảm của cán bộ, đảng viên và người lao động Dầu khí". Do đó, thay mặt ban lãnh đạo, ông Sơn kêu gọi người lao động vững vàng ý chí, nêu cao tinh thần trách nhiệm, bản lĩnh để vượt qua khó khăn.