Ngày 12/10/2000, một chiếc thuyền lạ dài khoảng 11m lân la đến mạn tàu khu trục USS Cole của hải quân Mỹ đang tiếp nhiên liệu tại cảng Aden, Yemen. Các thủy thủ tàu USS Cole thậm chí đã mỉm cười đáp lại khi hai người lạ mặt trên con thuyền nhỏ tươi cười vẫy chào. Họ không ngờ rằng chỉ ít phút sau đó, một vụ khủng bố chết chóc đã xảy ra.
Con thuyền nhỏ mà các thủy thủ tàu USS Cole cho là tàu chở rác thực ra lại chở thuốc nổ RDX và TNT. Hai kẻ lạ mặt đã cho chiếc thuyền phát nổ.
Nhiều nhân chứng kể lại tác động từ vụ nổ lớn đến nỗi các tòa nhà gần cảng Aden cũng bị rung chuyển. USS Cole ngay lập tức bị "chấn thương nặng" với một lỗ hổng rộng 12 m ở mạn trái tàu. Điều khủng khiếp là đã có tới 17 thủy thủ thiệt mạng và 39 người bị thương.
Tàu USS Cole với lỗ hổng lớn sau vụ đánh bom.
Tới ngày nay, al-Qaeda vẫn tự hào rằng vụ tấn công vào tàu USS Cole là một trong những chiến thắng lớn nhất của mạng lưới khủng bố này.
Còn Hải quân Mỹ sau này cho biết tàu USS Cole hoàn toàn có thể bị chìm sau vụ tấn công nhưng các thủy thủ đã dũng cảm đối đầu với hiểm nguy và cố gắng vượt qua chấn động tâm lý để bơm nước và nhiên liệu ra khỏi tàu khu trục.
Ngày 30/10/2000, một tàu vận tải Na Uy trợ lực đưa USS Cole trở về Mỹ. Hải quân Mỹ cũng đã chi 250 triệu USD để sửa chữa USS Cole.
Một tuần sau vụ đánh bom tàu USS Cole, Tổng thống Mỹ khi đó là Bill Clinton cam kết sẽ truy lùng kẻ chủ mưu và khẳng định "công lý sẽ chiến thắng". Đến tháng 7/2004, danh tính hai kẻ đánh bom liều chết trong vụ khủng bố tàu USS Cole mới chính thức được công bố. Chúng là công dân Yemen Ibrahim al-Thawr và Abdullah al-Misawa.
Ngay sau khi USS Cole bị tấn công, Cục Điều tra Liên bang Mỹ (FBI) lập tức cử 100 người đến Yemen vào ngày 13/10/2000. Đích thân giám đốc FBI khi đó Louis Freeh cũng bay đến Yemen và gặp Tổng thống nước này. Sau quá trình điều tra khẩn trương, FBI kết luận rằng chính các thành viên al-Qaeda là thủ phạm trong vụ tấn công USS Cole.
Khẳng định này đã được chứng minh sau đó khi vào ngày 1/3/2001 kênh al-Jazeera phát cảnh Osama bin Laden đọc một bài thơ trong đó có nhắc đến vụ tấn công: "Ở Aden, người đàn ông trẻ đã ủng hộ thánh chiến và phá hủy một tàu khu trục".
Tháng 6 cùng năm, một đoạn video với cảnh những kẻ ủng hộ Osama bin Laden luyện tập ở Afghanistan và hô vang: "Cảm ơn Chúa đã ban cho chúng tôi chiến thắng vào cái ngày chúng tôi phá hủy tàu Cole trên biển cả".
Tháng 12/2000, các nhà điều tra Mỹ và Yemen công bố kẻ chủ mưu trong vụ đánh bom là Abd al Rahim al-Nashiri - nhân vật thuộc al-Qaeda hoạt động tại Bán đảo Arab. Cũng trong khoảng thời gian này, lực lượng an ninh Yemen đã bắt hai nghi phạm khác liên quan tới vụ tấn công là Fahd al-Quso và Jamal al-Badawi.
Tháng 11/2002, Abd al Rahim al-Nashiri Nashiri bị bắt tại Các tiểu vương quốc Arab thống nhất và được trao cho Cục Tình báo Trung ương Mỹ (CIA). Năm 2006, hắn bị chuyển đến nhà tù Guantanamo.
Ngày 15/3/2003, Bộ Tư pháp Mỹ công bố bản cáo trạng dành cho Jamal al-Badawi và Fahd al-Quso vì vai trò của chúng trong vụ tấn công tàu USS Cole. Ba kẻ đồng lõa khác được nêu tên bao gồm Walid bin Attash, Abd al Rahim al-Nashiri và Osama bin Laden.
Ngày 11/4/2003, Fahd al-Quso và Jamal al-Badawi trốn thoát khỏi nhà tù ở Yemen. Cùng khoảng thời gian này, các quan chức Pakistan thông báo họ đã bắt được nghi phạm khác liên quan tới vụ tấn công tàu USS Cole là Walid bin Attash.
Sau gần một năm lẩn trốn, vào ngày 19/3/2004, lực lượng an ninh Yenmen đã truy lùng và tóm gọn được hai tên al-Quso cùng al-Badawi.
Tháng 7/2004, Yemen buộc tội 6 bị cáo trong vụ án liên quan đến USS Cole. 5 đối tượng bị truy tố trước tòa là Jamal al-Badawi, Maamoun Msouh, Fahd al-Quso, Ali Mohamed Saleh và Murad al-Sirouri. Abd al Rahim al-Nashiri bị xử vắng mặt do vẫn bị Mỹ giam giữ.
Ngày 19/9/2004, tòa án tại Yemen tuyên án tử hình đối với Jamal al-Badawi và Abd al Rahim al-Nashiri. Fahd al-Quso nhận án 10 năm tù, Maamoun Msouh 8 năm tù, cả Ali Mohamed Saleh và Murad al-Sirouri đều nhận 5 năm trong tù.
Ngày 26/2/2005, một phiên tòa phúc thẩm tại Yemen đã hạ án tử hình của Jamal al-Badawi xuống 15 năm trong tù nhưng vẫn giữ nguyên bản án với Abd al Rahim al-Nashiri. Nhưng vào ngày 3/2/2006, Interpol thông báo Jamal al-Badawi đã vượt ngục.
Năm 2010, 15 thủy thủ bị thương và gia đình 3 thủy thủ bị thiệt mạng đã đệ đơn kiện chính phủ Sudan với cáo buộc nước này đã hỗ trợ những tên khủng bố tàu USS Cole. Theo nguyên đơn, CH Sudan đã tài trợ kinh phí, đào tạo và trợ lực cho al-Qaeda.
Ngày 20/4/2011, Bộ Quốc phòng Mỹ công bố cáo trạng về Abd al Rahim al-Nashiri. Hắn bị buộc tội tổ chức cuộc tấn công vào tàu USS Cole và âm mưu tấn công tàu USS The Sullivans vào năm 2000.
Âm mưu tấn công tàu USS The Sullivans thất bại khi chiếc thuyền khủng bố đã chở bom quá tải rồi chìm. Abd al Rahim al-Nashiri đối mặt với án tử hình và hiện tại hắn vẫn bị Mỹ giam giữ tại một địa điểm bí mật.
Ngày 30/3/2012, một tòa án Mỹ đã đưa ra phán quyết cuối yêu cầu Sudan đền bù hơn 314 triệu USD cho những người đã đệ đơn kiện chính phủ nước này có liên quan tới vụ khủng bố tàu USS Cole.
Ngày 29/11/2003, tàu USS Cole lại ra khơi lần đầu tiên kể từ vụ đánh bom. Phần sàn hành lang trên tàu có 17 ngôi sao, mỗi ngôi sao đại diện cho một thủy thủ đã hy sinh.