Trường tuyển thí sinh nam, nữ trong cả nước (63 tỉnh, thành phố).
Theo đó, năm 2021, Học viện Quân y xét tuyển trên cơ sở kết quả của kỳ thi tốt nghiệp THPT. Thí sinh đăng ký và dự kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021 theo quy định của Bộ GD-ĐT.
Thí sinh đăng ký xét tuyển vào hệ đại học quân sự phải qua sơ tuyển, có đủ tiêu chuẩn quy định của Bộ Quốc phòng (thanh niên ngoài Quân đội sơ tuyển tại Ban Tuyển sinh quân sự cấp quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh; quân nhân tại ngũ sơ tuyển tại Ban Tuyển sinh quân sự cấp trung đoàn và tương đương).
Sau khi có kết quả kỳ thi tốt nghiệp THPT, thí sinh đã nộp hồ sơ sơ tuyển vào học viện được điều chỉnh nguyện vọng đăng ký xét tuyển (nguyện vọng 1) trong nhóm các trường gồm: Học viện Kỹ thuật quân sự, Học viện Khoa học quân sự, Học viện Phòng không không quân (hệ Kỹ sư hàng không) theo đúng vùng miền và đối tượng tuyển sinh.
Trong xét tuyển đợt 1, học viện chỉ xét tuyển đối với các thí sinh đăng ký nguyện vọng 1 (nguyện vọng cao nhất) vào trường theo đúng tổ hợp xét tuyển của trường;
Về điểm chuẩn, Học viện Quân y thực hiện một điểm chuẩn chung giữa tổ hợp xét tuyển A00 và tổ hợp xét tuyển B00. Điểm trúng tuyển tính theo chỉ tiêu cho các đối tượng nam, nữ và khu vực phía Nam, phía Bắc.
Trường hợp xét tuyển đến một mức điểm nhất định vẫn còn chỉ tiêu, nhưng số thí sinh cùng bằng điểm cao hơn số lượng chỉ tiêu còn lại, thực hiện xét tuyển theo các tiêu chí phụ, như sau:
Tiêu chí 1: Thí sinh có điểm thi môn Toán cao hơn sẽ trúng tuyển.Tiêu chí 2: Sau khi xét tiêu chí 1, trường vẫn còn chỉ tiêu, nhưng có nhiều thí sinh cùng bằng điểm, cùng có tiêu chí 1 như nhau, thì xét đến tiêu chí 2, như sau: Thí sinh có điểm thi môn Hóa cao hơn sẽ trúng tuyển.
Tiêu chí 3: Sau khi xét tiêu chí 2, trường vẫn còn chỉ tiêu, nhưng có nhiều thí sinh cùng bằng điểm, cùng có tiêu chí 1 và tiêu chí 2 như nhau thì xét đến tiêu chí 3, như sau: Thí sinh có điểm thi môn Lý hoặc môn Sinh cao hơn sẽ trúng tuyển..
Khi xét đến tiêu chí 3 vẫn chưa đủ chỉ tiêu, Chủ tịch Hội đồng tuyển sinh trường báo cáo Ban Tuyển sinh quân sự (Bộ Quốc phòng) xem xét, quyết định.
Năm 2021, trường cũng thông báo sẽ tuyển 12 chỉ tiêu đi đào tạo ở nước ngoài./.