Doanh nghiệp được cho là trốn thuế khi có một trong cách hành vi:
Doanh nghiệp không nộp hồ sơ đăng ký thuế; không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày, kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định của Luật quản lý thuế.
Doanh nghiệp không ghi chép trong sổ kế toán các khoản thu liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp; không xuất hóa đơn khi bán hàng hoá, dịch vụ hoặc ghi giá trị trên hóa đơn bán hàng thấp hơn giá trị thanh toán thực tế của hàng hoá, dịch vụ đã bán.
Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để hạch toán hàng hóa, nguyên liệu đầu vào trong hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế để làm giảm số tiền thuế phải nộp, tăng số tiền thuế được miễn hoặc giảm, tăng số tiền thuế được khấu trừ hoặc được hoàn.
Doanh nghiệp sử dụng chứng từ, tài liệu không hợp pháp trong các trường hợp khác để xác định sai số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được hoàn; khai sai căn cứ tính thuế phát sinh số thuế trốn, số thuế gian lận.
Doanh nghiệp kê khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu sai với thực tế mà không khai bổ sung hồ sơ khai thuế sau khi hàng hóa đã được thông quan trong thời gian 60 ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan.
Doanh nghiệp cố ý không kê khai hoặc khai sai về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; cấu kết với người gửi hàng để nhập khẩu hàng hóa nhằm mục đích trốn thuế; sử dụng hàng hóa được miễn thuế không đúng với mục đích quy định mà không khai thuế...
Khi Nhà nước phát hiện, doanh nghiệp sẽ bị truy thu lại thuế, truất quyền ưu đãi thuế.
Nếu hành vi trốn thuế của doanh nghiệp có dấu hiệu hình sự thì doanh nghiệp và người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp đó còn có thể bị xử lý trách nhiệm hình sự theo quy định tại Điều 161, Bộ luật Hình sự.
Theo đó, phạt tiền từ 1 lần đến 5 lần số tiền trốn thuế hoặc phạt cải tạo không giam giữ đến 2 năm khi, số tiền trốn thuế từ 100 triệu đồng đến dưới 300 triệu đồng hoặc dưới một trăm triệu đồng nhưng đã bị xử phạt hành chính về hành vi trốn thuế hoặc đã bị kết án về tội này hoặc về một trong các tội quy định tại các Điều 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 164, 193, 194, 195, 196, 230, 232, 233, 236 và 238 của Bộ luật Hình sự chưa được xóa án tích mà còn vi phạm.
Phạt tiền từ 1 lần đến 5 lần số tiền trốn thuế hoặc phạt tù từ 6 tháng đến 3 năm khi, số tiền trốn thuế từ 300 triệu đồng đến dưới 600 triệu đồng hoặc tái phạm về tội này.
Phạt tù từ 2 năm đến 7 năm khi trốn thuế với số tiền từ 600 triệu đồng trở lên hoặc trong trường hợp đặc biệt nghiêm trọng khác.
Ngoài các hình phạt trên, doanh nghiệp còn có thể bị phạt tiền từ 1 đến 3 lần số tiền trốn thuế.