Dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên của thành phố Hà Nội được Thủ tướng Chính phủ thông qua chủ trương đầu tư năm 2004. Sau đó, dự án được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt giai đoạn I vào năm 2008 và điều chỉnh dự án năm 2017. Trong đó khu tổ hợp ga Ngọc Hồi nằm trong giai đoạn một của dự án.
Theo đó, trong giai đoạn một của dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số một đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên sẽ tập trung xây dựng khu Tổ hợp ga Ngọc Hồi. Mục đích để hoàn trả chức năng của ga Hà Nội và ga Giáp Bát hiện nay và đầu tư một số khu chức năng cho các tuyến đường sắt tương lai. Tổng mức đầu tư dự án dự kiến hơn 19.000 tỷ đồng, từ nguồn vốn vay ODA Nhật Bản và trong nước.
Tuy nhiên, dự án ga Ngọc Hồi bị ảnh hưởng và chậm triển khai do công tác giải phóng mặt bằng (GPMB), đền bù, hỗ trợ tái định cư và giải ngân vốn chậm so với kế hoạch.
Theo quy hoạch, tổ hợp ga Ngọc Hồi sẽ được xây dựng trên diện tích khoảng 1,5 km2 trên tổng diện tích 1,7 km2 quy hoạch. Còn lại là diện tích làm đường sắt, đường bộ kết nối.
Trong diện tích được xây dựng khu tổ hợp, phần đất để xây dựng các khu chức năng khoảng 0,95 km2 với các hạng mục chủ yếu như: Xây dựng các khu chức năng đơn vị quản lý tàu đô thị, đơn vị quản lý đầu máy, đơn vị quản lý toa xe hàng, một phần ga hàng, đơn vị bảo dưỡng cơ sở hạ tầng đường sắt đô thị… Trong ảnh là phối cảnh tổ hợp ga Ngọc Hồi.
Khu tổ hợp ga Ngọc Hồi sẽ thuộc địa giới hành chính các xã Vĩnh Quỳnh, Ngọc Hồi, Liên Ninh (huyện Thanh Trì) và xã Duyên Thái (huyện Thường Tín).
Phía Đông khu tổ hợp ga Ngọc Hồi giáp cụm công nghiệp Ngọc Hồi; Phía Tây giáp khu phát triển đô thị; Phía Bắc giáp đường vành đai 3,5 (đường quy hoạch); Phía Nam giáp đường Tả Thanh Oai - Đại Áng - Liên Ninh. Trong ảnh là đoạn ngã rẽ, giao với khu tổ hợp tại phía Nam.
Hiện phần lớn khu đất là ruộng. Đây vẫn là nơi chăn thả trâu, bò của một số hộ dân.
Hiện tại, khu tổ hợp ga Ngọc Hồi đã được địa phương thực hiện giải phóng mặt bằng khoảng 1,3/1,7 km2 đất với tổng giá trị giải ngân gần 1.100 tỷ đồng.
Khi hoàn thành và đưa vào sử dụng, khu tổ hợp ga Ngọc Hồi sẽ là nơi dừng chân của các tuyến đường sắt quốc gia thông thường (đường sắt Bắc - Nam hiện có và đường sắt Vành đai phía Đông, phía Tây trong tương lai) và các tuyến đường sắt đô thị (Yên Viên - Ngọc Hồi; Nội Bài - Ngọc Hồi…). Bên cạnh đó, tháng 10/2023, Bộ Giao thông Vận tải cho biết đang đang triển khai lập quy hoạch chi tiết đường sắt khu vực đầu mối Hà Nội (quy hoạch có tính chất kỹ thuật, chuyên ngành), trong đó bao gồm tổ hợp ga Ngọc Hồi với chức năng tích hợp thêm vận tải đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc-Nam
Dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên của thành phố Hà Nội với định hướng ban đầu là tuyến đường sắt xuyên tâm, đáp ứng chức năng đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị.
Dự án được Thủ tướng Chính phủ thông qua chủ trương đầu tư năm 2004. Sau đó, được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt giai đoạn I vào năm 2008 và điều chỉnh dự án năm 2017, như nêu ở trên.
Tuy nhiên, Bộ Giao thông Vận tải cho biết, triển khai Luật Quy hoạch năm 2017, bộ này đã tổ chức lập quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 và được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Theo đó đường sắt quốc gia qua Hà Nội đi theo các tuyến Vành đai phía Đông (Ngọc Hồi - Lạc Đạo - Bắc Hồng - Thạch Lỗi) và Vành đai phía Tây (Ngọc Hồi - Thạch Lỗi) và không đi vào trung tâm thành phố Hà Nội.
Cùng với đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên là đoạn Gia Lâm - Lạc Đạo chuyển thành đường sắt đô thị sau khi tuyến Vành đai phía Đông (Ngọc Hồi - Lạc Đạo - Bắc Hồng - Thạch Lỗi) đưa vào khai thác; Đồng thời, giao Uỷ ban Nhân dân thành phố Hà Nội chủ trì nghiên cứu, đầu tư tuyến đường sắt đô thị số 1 từ Yên Viên đi Ngọc Hồi.