Sau khi kết thúc giai đoạn diễn tập tại bến ở thành phố cảng Pa-đang của In-đô-nê-xi-a, sáng 14-4, các tàu tham gia Diễn tập Komodo 2016 đã nhổ neo rời vị trí, thành lập đội hình hành quân đến đảo Xi-pô-ra (cách Pa-đang khoảng 80 hải lý), kết hợp thực hiện các nội dung diễn tập trên biển như vận động đội hình chụp ảnh từ trên không; đấu tranh bảo vệ sức sống tàu; diễn tập phòng không.
Chiều cùng ngày, 48 tàu tham gia diễn tập đã có mặt ở vùng biển lân cận đảo Xi-pô-ra. Tại đây, các tàu được chia thành 3 tốp chiến thuật: TU 35.1.1 ở phía Tây, TU 35.1.2 ở phía Bắc, TU 35.1.3 ở phía Đông đảo Xi-pô-ra.
Tàu 561 nằm trong đội hình tốp chiến thuật TU 35.1.3 cùng 4 tàu của chủ nhà In-đô-nê-xi-a, tàu hộ vệ tên lửa HMAS Anzac của Ô-xtrây-li-a, tàu tuần tiễu INS Sumedha của Ấn Độ, tàu khu trục JS ISE của Nhật Bản, tàu khu trục USS Stockdale DDG-106 của Mỹ...
19 giờ ngày 14-4, tàu 561 bắt đầu diễn tập nội dung thông tin liên lạc bằng ánh đèn với các tàu trong tốp chiến thuật TU 35.1.3. Tiếp đó, tàu 561 và một tàu của In-đô-nê-xi-a được giao nhiệm vụ thực hiện công tác tuần tra suốt đêm trong khu vực được phân công.
Ngày 15-4 bắt đầu bằng nội dung diễn tập ngăn chặn hàng hải. Theo kịch bản do Ban tổ chức đưa ra, nhiệm vụ của Lực lượng hàng hải hỗn hợp CTF 35 là tuần tra trong khu vực phía Đông quốc gia mang tên Southland (trên thực tế là đảo Xi-pô-ra), đồng thời ngăn chặn hoạt động buôn lậu, tiếp tế vũ khí cho lực lượng dân quân đòi ly khai ở phía Bắc Southland, vốn được hỗ trợ bởi một số quốc gia Trung Đông.
Ban tổ chức bố trí một tàu đánh cá nhỏ giả làm tàu nghi vấn, xâm nhập vào vùng nước Southland.
Tàu 561 của Việt Nam cũng như các tàu tham gia nội dung diễn tập này có nhiệm vụ tuần tra trong khu vực, khi phát hiện tàu nghi vấn thì thiết lập thông tin liên lạc, truy vấn thông tin, triển khai xuồng tiếp cận, kiểm tra và báo cáo kết quả về tàu chỉ huy.
Từ 8 giờ sáng, máy bay tuần thám biển tiến hành tuần tra. Tàu khu trục ADM Vinogradov 572 của Hải quân Nga triển khai thực thăng giám sát, báo cáo kết quả về tàu chỉ huy Kri Frans Kaisiepo 368 của In-đô-nê-xi-a. Tất cả các tàu còn lại phải chuẩn bị sẵn sàng cho tình huống diễn tập này.
Đoàn công tác và Tàu 561 của Hải quân Việt Nam cũng tổ chức 1 tổ kiểm tra để sẵn sàng lên xuồng tiếp cận và kiểm tra nếu thấy tàu nghi vấn. Tuy nhiên cuối cùng, tàu nghi vấn đã không xuất hiện trong khu vực tuần tra của Tàu 561.
Theo Đại úy Lê Thanh Bình, Chỉ huy trưởng Trung tâm Huấn luyện Mô phỏng Tác chiến thuộc Bộ Tham mưu Hải quân, các thành viên trong tổ kiểm tra của đoàn Việt Nam đã được huấn luyện thuần thục về cách thức tổ chức, vũ khí trang bị, nhiệm vụ của từng vị trí, cách thức thiết lập thông tin liên lạc và truy vấn thông tin, tổ chức lên tàu..., đảm bảo có thể xử lý được tất cả các tình huống mà Ban tổ chức Diễn tập đưa ra.
Chiều cùng ngày, các tàu Kri Sultan Iskandar Muda của In-đô-nê-xi-a, tàu hộ vệ tên lửa Weifang của Trung Quốc, tàu khu trục JS ISE của Nhật Bản, tàu khu trục USS Stockdale DDG-106 của Mỹ, tàu ADM Vinogradov của Nga...cũng đã thực hiện thành công các nội dung diễn tập chuyển người qua tàu bằng trực thăng, diễn tập hạ cánh trực thăng trên tàu khác, diễn tập tiếp vận trên biển.
Từ 16 giờ đến 20 giờ, tàu 561 cùng các tàu khác trong tốp chiến thuật thực hiện các nội dung diễn tập vận động đội hình trên biển và diễn tập chống tác chiến phi đối xứng, cụ thể là duy trì trạng thái sẵn sàng chiến đấu trong khu vực được giao, đề phòng nguy cơ bị tấn công từ các tàu cỡ nhỏ và bắn cảnh cáo (mô phỏng bằng ánh đèn) khi cần thiết.
Song song với giai đoạn diễn tập tại bến và diễn tập thực binh trên biển, từ ngày 12 đến 16-4, lực lượng công binh và quân y của các nước đã có mặt tại các đảo Xi-be-rút và Xi-pô-ra để thực hiện các chương trình công binh dân sự và y tế cộng đồng.
Nhóm công binh của Hải quân Việt Nam gồm 6 đồng chí đã phối hợp với lực lượng công binh các nước tham gia Diễn tập Komodo 2016 hoàn thiện một dự án xây dựng đường bê tông dân sinh dài 700m tại Xi-pô-ra, qua đó giúp người dân trên đảo thuận tiện trong đi lại, sinh hoạt.
Trong khi đó, Nhóm quân y của Việt Nam gồm 6 người đã phối hợp với lực lượng quân y của Hải quân In-đô-nê-xi-a và các nước tiến hành tuyên truyền nâng cao nhận thức về sức khỏe cộng đồng, huấn luyện đội ngũ nhân viên y tế địa phương, khám bệnh và nha khoa, tiến hành một số ca tiểu phẫu (chữa đục thủy tinh thể, phẫu thuật hở hàm ếch...) cho dân cư trên hai đảo Xi-be-rút và Xi-pô-ra.
Sau 5 ngày, Diễn tập Hải quân đa phương Komodo 2016 đã chính thức khép lại với Lễ bế mạc trên đảo Xi-pô-ra vào sáng 16-4. Tàu Bệnh viện 561 của Việt Nam và tàu hải quân các nước khác tiến hành thủ tục chào nhau trên biển và rời đội hình hành quân về nước, kết thúc thành công đợt tham gia Diễn tập Komodo 2016.