Năm 2004, để giải quyết việc làm cho lao động dôi dư và tận dụng quỹ đất trống, Công ty Lương thực cấp 1 Lương Yên (nay là Công ty TNHH MTV Lương thực Lương Yên) đã đề nghị UBND TP Hà Nội tạm thời quy hoạch khu đất này thành bến xe khách với diện tích 10.200m², nhưng sẽ chỉ là một bến xe hoạt động tạm thời để giải quyết các vấn đề trước mắt.
Cuối năm 2011, Tổng Công ty Lương thực Miền Bắc đề nghị Sở Giao thông Vận tải (GTVT) Hà Nội sắp xếp lại các tuyến giao thông ra vào Bến xe Lương Yên trên phần diện tích 5.576m² phía Bắc bến xe trong giai đoạn Tổng Công ty triển khai xây dựng khu tổ hợp công trình cao tầng ở khu vực phía Nam bến xe.
Sở GTVT Hà Nội đã thu hẹp lại diện tích sử dụng Bến xe Lương Yên, cho phép bến xe tiếp tục hoạt động tạm thời cho đến năm 2013.
Năm 2013, sau gần 10 năm hoạt động trong tình trạng tạm bợ, Bến xe Lương Yên nhận được kiến nghị dừng hoạt động.
Tuy nhiên, do đề xuất của các doanh nghiệp đang khai thác, UBND TP Hà Nội đã ban hành quyết định gia hạn thời gian hoạt động của bến xe này đến tháng 7-2016.
Trong Quyết định số 1593/QĐ-SGTVT ngày 29-7-2013 của Sở GTVT Hà Nội, Bến xe khách Lương Yên được gia hạn thêm 3 năm nữa nhưng sẽ phải chấm dứt mọi hoạt động vào ngày 26-7-2016.
Hiện nay, Bến xe Lương Yên đang có 38 tuyến vận tải đi 20 tỉnh, thành phố với tần suất 335 lượt xe/ngày, với 319 phương tiện vận tải của 52 đơn vị vận tải. Sau hơn 10 năm tồn tại trong cảnh tạm bợ, cho tới thời điểm này,
Bến xe Lương Yên có lẽ là bến xe nhếch nhác nhất Hà Nội khi mọi cơ sở vật chất đều đã xuống cấp.
Theo Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về bến xe khách (sửa đổi lần 1 năm 2015) do Bộ GTVT ban hành tháng 11-2015, các bến xe đúng quy chuẩn từ cấp 1 tới cấp 3 phải có tỷ lệ nhất định dành cho khu vực y tế, có nơi phục vụ người khuyết tật, có diện tích khu vệ sinh lớn hơn 1% tổng diện tích khu vực xây bến, có diện tích dành cho cây xanh, thảm cỏ tối thiểu 2% dành cho tổng diện tích, có đường xe ra vào bến riêng biệt…
Tuy nhiên, khảo sát thực tế tại Bến xe Lương Yên, hoàn toàn không có nơi phục vụ người khuyết tật, không có cây xanh, thảm cỏ; phòng bán vé diện tích chật hẹp.
Trong khi các bến xe khác được trang bị hệ thống công nghệ hiện đại hỗ trợ khách mua vé thì ở đây mọi hoạt động diễn ra thô sơ.
Khu vực dành cho khách ngồi chờ số lượng ghế hạn chế, cũ kỹ; bãi đỗ xe bốc mùi xú uế nồng nặc.
Tại đoạn đường ra vào bến xe, tình trạng ùn tắc giao thông nghiêm trọng vẫn diễn ra thường xuyên, đặc biệt vào giờ cao điểm, gây ức chế cho người tham gia giao thông.
Hai tháng trước thời điểm Bến xe Lương Yên chấm dứt hoạt động, Công ty TNHH MTV Lương thực Lương Yên - đơn vị đang quản lý khu đất, đã gửi văn bản kiến nghị Sở GTVT Hà Nội phải đưa ra phương án di dời bến xe này trước ngày 26-7-2016.
Theo quy hoạch GTVT Thủ đô Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt ngày 31-3-2016, Bến xe Lương Yên không nằm trong danh mục các bến xe được nâng cấp, cải tạo.
Vì vậy Sở GTVT Hà Nội đã báo cáo UBND TP Hà Nội về thời hạn đóng cửa Bến xe Lương Yên và dự kiến xây dựng 2 phương án di dời xe khách sang các bến xe khác trên địa bàn Hà Nội. Theo đó:
Phương án 1, sẽ điều chuyển các tuyến xe, phương tiện đang hoạt động tại Bến xe Lương Yên về các bến xe còn khả năng tiếp nhận trên địa bàn thành phố trong khi làm việc với các đơn vị khai thác bến xe để sắp xếp lại luồng tuyến tại các bến xe phục vụ cho việc tiếp nhận các tuyến mới từ bến xe Lương Yên chuyển sang, sắp xếp các tuyến xe khách liên tỉnh, xe buýt.
Phương án 2, điều chuyển toàn bộ luồng tuyến và phương tiện từ Bến xe Lương Yên sang sau khi Bến xe khách Cổ Bi (Gia Lâm) đủ điều kiện tiếp nhận.
Mặc dù còn có ý kiến lo ngại việc điều chuyển này sẽ làm xáo trộn nhu cầu đi lại của người dân, tuy nhiên để xây dựng một đô thị văn minh thì không thể duy trì mãi một bến xe tạm ngay giữa thành phố.