Trong giai đoạn 2 vụ án Chuyến bay giải cứu, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đề nghị truy tố bị can Vũ Hồng Quang (cựu phó phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải) và Nguyễn Mạnh Cương (cựu trưởng phòng thương mại điện tử, Công ty cổ phần Thương mại hàng không Vietjet) cùng về tội Đưa hối lộ.
Theo kết luận điều tra, bị can Vũ Hồng Quang có nhiệm vụ tiếp nhận, xem xét ra Quyết định cấp phép bay cho các hãng hàng không thực hiện các chuyến bay "Combo" do doanh nghiệp tổ chức.
Trong quá trình các doanh nghiệp triển khai, có một số chuyến bay doanh nghiệp không thuê được máy bay cỡ lớn để chở hết số lượng khách được duyệt. Do đó, các công ty phải thuê 2 máy bay nhỏ dẫn đến phát sinh chi phí, trong khi vẫn còn ghế trống khách.
Để có thêm lợi nhuận, Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Giám đốc Công ty Bluesky) và Nguyễn Tiến Mạnh (Phó Giám đốc Công ty Lữ hành Việt) đã trao đổi, thỏa thuận và được Vũ Hồng Quang đồng ý cấp phép bay theo số lượng khách vượt so với văn bản đã được duyệt, với chi phí 2 triệu đồng/khách.
Thực hiện thỏa thuận, Vũ Hồng Quang đã chỉ đạo Nguyễn Mạnh Trường (cựu chuyên viên phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam) triển khai cấp phép bay trái quy định cho 1.019 khách, theo yêu cầu của Hằng và Mạnh, nhận hối lộ tổng số tiền gần 2 tỉ đồng.
Sau khi nhận tiền, Vũ Hồng Quang đã chủ động chuyển khoản 4 lần, chia cho Trường 244 triệu đồng, với các nội dung chuyển khoản theo số khách được cấp phép bay vượt so với văn bản của cơ quan có thẩm quyền đã phê duyệt cho 2 công ty Bluesky và Công ty Lữ Hành Việt, ví dụ: Blue over 162 (tức vượt 162 khách), Lu Hanh Viet over 43 (vượt 43 khách)...
Kết luận điều tra cáo buộc Nguyễn Mạnh Trường đã nhận hối lộ 244 triệu đồng.
Trong khi đó, Vũ Hồng Quang cũng bị xác định có hành vi nhận hối lộ song tội danh này của Quang đã được xét xử tại giai đoạn 1 của vụ án. Do đó, ở giai đoạn 2, Vũ Hồng Quang bị đề nghị tội Đưa hối lộ.
Cũng theo kết luận điều tra, tháng 9-2020, Vũ Hồng Quang đã liên hệ, trao đổi nhờ Phạm Trung Kiên (bị can Giai đoạn 1 vụ án, cựu thư ký thứ trưởng Bộ Y tế) giúp để có được văn bản chấp thuận của Ban Chỉ đạo cho công dân được về nước trên các chuyến bay đơn lẻ; Phạm Trung Kiên đồng ý và thỏa thuận chi phí 10 triệu đồng/công dân.
Vũ Hồng Quang đã trao đổi với Nguyễn Mạnh Cương (Trưởng phòng Thương mại điện tử, Công ty cổ phần thương mại hàng không Vietjet) và Vũ Hoàng Dũng (lao động tự do) biết việc Quang có thể xin được văn bản cấp phép cho công dân về nước trên chuyến bay đơn lẻ với mức phí từ 2.000 USD đến 3.000 USD/công dân.
Cùng với đó, tháng 1-2021, Trần Thanh Nhã (lao động tự do) liên hệ, trao đổi, thỏa thuận nhờ Phạm Trung Kiên giúp để có văn bản chấp thuận của Ban Chỉ đạo cho công dân được về nước trên chuyến bay đơn lẻ, với chi phí 10 triệu đồng đến 15 triệu đồng/công dân. Sau đó, Nhã đã thoả thuận với các công ty đưa công dân về nước để hưởng lợi.
Sau khi thỏa thuận như trên và nhận được thông tin công dân có nhu cầu về nước từ Vũ Hồng Quang, Trần Thanh Nhã, từ cuối năm 2020 đến đầu năm 2021, Phạm Trung Kiên chuyển thông tin, hồ sơ lãnh đạo có thẩm quyền duyệt, ký văn bản theo quy trình. Sau khi được cấp phép, Vũ Hồng Quang đã thỏa thuận và đưa hối lộ cho Phạm Trung Kiên tổng cộng gần 7,5 tỉ đồng, hưởng lợi gần 20 tỉ đồng. Trần Thanh Nhã đã thỏa thuận và đưa hối lộ cho Phạm Trung Kiên gần 7,3 tỉ đồng, hưởng lợi hơn 8,2 tỉ đồng.
Trước đó, tại giai đoạn 1, bị cáo Phạm Trung Kiên, cựu thư ký thứ trưởng Bộ Y tế, đã bị tuyên án tù chung thân về tội nhận hối lộ. Bị cáo Phạm Trung Kiên bị cáo buộc không có chức năng, nhiệm vụ trong phê duyệt chuyến bay, nhưng lại là cán bộ nhận hối lộ nhiều nhất cả số lần và số tiền. Theo đó, bị cáo này đã nhận tiền 253 lần, tương đương 42,6 tỉ đồng trong vụ chuyến bay giải cứu.