Xem xét vụ án, HĐXX bác quan điểm của người bào chữa cho rằng hành vi của Quân chỉ phạm tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng". Theo HĐXX, nội dung vụ án thể hiện từ năm 2016-2020, bị cáo Quân đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn của người có trách nhiệm quản lý Bệnh viện TP Thủ Đức để chỉ đạo bị cáo Nguyễn Văn Lợi thành lập, sử dụng 4 công ty "sân sau" ký hợp đồng khống, mua bán lòng vòng nâng giá cả máy móc, thiết bị y tế; tham gia đấu thầu vào Bệnh viện TP Thủ Đức.
Tại Bệnh viện TP Thủ Đức, bị cáo Quân gây sức ép, buộc nhân viên dưới quyền thông đồng với Lợi để công ty "sân sau" trúng 27 gói thầu. Khi bệnh viện thanh toán tiền cho các công ty trúng thầu, Lợi rút tiền mặt hoặc chuyển khoản toàn bộ cho Quân.
Các bị cáo nghe tòa tuyên án
HĐXX phân tích bản chất các công ty tham gia đấu thầu đều là của Quân. Việc thực hiện các thủ tục dự thầu chỉ là một phương thức, thủ đoạn của Nguyễn Minh Quân chiếm đoạt tài sản của Bệnh viện TP Thủ Đức. Về số tiền Quân chiếm đoạt, cáo trạng của VKSND Tối cao xác định con số là 103,6 tỉ đồng (tiền Lợi chuyển cho Quân). Tuy nhiên, HĐXX cho rằng thực tế tổng số tiền lợi nhuận mà 4 công ty "sân sau" nhận thông qua 27 gói thầu của Bệnh viện TP Thủ Đức là 102,52 tỉ đồng.
Do đó, tổng số tiền Quân chiếm đoạt là 102,52 tỉ đồng. Khi lượng hình, HĐXX xét các bị cáo trong vụ án đều tham gia thực hiện nhiều gói thầu khác nhau với thiệt hại của các gói thầu đều trên 1 tỉ đồng.
Từ đó, các bị cáo bị áp dụng tình tiết tăng nặng là phạm tội nhiều lần. Mặt khác, HĐXX ghi nhận các bị cáo đều có thái độ khai báo thành khẩn, ăn năn hối cải; nhân thân tốt, phạm tội lần đầu; một số bị cáo không hưởng lợi cá nhân, thực hiện sự chỉ đạo cấp trên, có tính phụ thuộc; một số bị cáo có thời gian cống hiến, được tặng bằng khen, huân - huy chương; có nhiều đóng góp trong việc phòng chống dịch COVID-19...
Từ những nhận định trên, HĐXX tuyên phạt bị cáo Quân 21 năm tù; Lợi 15 năm tù cùng về các tội "Tham ô tài sản" và "Rửa tiền"; bị cáo Nguyễn Trần Ngọc Diễm - vợ Quân - 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo về tội "Rửa tiền". Các đồng phạm bị tuyên phạt từ 2 năm 6 tháng đến 3 năm 6 tháng tù về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng". Ngoài ra, một số bị cáo bị cấm đảm nhiệm chức vụ quản lý liên quan đấu thầu trong khoảng thời gian 2-3 năm.
Về phần trách nhiệm dân sự, HĐXX buộc bị cáo Quân bồi thường toàn bộ thiệt hại cho Bệnh viện TP Thủ Đức 102,52 tỉ đồng. Tuy nhiên, do bị cáo Lợi tự nguyện bồi thường 14 tỉ đồng để khắc phục hậu quả đối với tội "Tham ô tài sản" nên HĐXX sẽ khấu trừ vào trách nhiệm bồi thường của bị cáo Quân về tội danh này. Từ đó, bị cáo Quân phải bồi thường cho Bệnh viện TP Thủ Đức số tiền là 88,52 tỉ đồng. HĐXX cũng chấp nhận việc vợ chồng bị cáo Quân đồng ý dùng toàn bộ tài sản đang bị kê biên để khắc phục hậu quả cho bị cáo Quân. Bên cạnh đó, một số tài sản của bị cáo Lợi không liên quan vụ án được chấp nhận giải tỏa kê biên, trả lại cho bị cáo này.
