Trong đó, sông Đồng Nai có diện tích lưu vực gồm TPHCM, Đồng Nai, Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh, Bà Rịa - Vũng Tàu, Đắk Nông, Lâm Đồng và một phần diện tích thuộc Ninh Thuận, Bình Thuận.
Là khu vực có hoạt động kinh tế xã hội , sản xuất sôi động, quy hoạch đặt mục tiêu khoảng 80% công trình khai thác, sử dụng nước được giám sát vận hành và kết nối hệ thống, 100% khu công nghiệp, khu chế xuất có hệ thống xử lý nước thải tập trung được xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật trước khi xả vào nguồn nước.
Khoảng 40% đến 45% lượng nước thải tại các đô thị từ loại II trở lên và 25% đến 30% lượng nước thải tại các đô thị từ loại V trở lên được thu gom, xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật trước khi xả vào nguồn nước.
Với sông Hương - nơi có toàn bộ diện tích lưu vực thuộc Thừa Thiên Huế và thành phố Đà Nẵng, quy hoạch phấn đấu 100% các vị trí duy trì dòng chảy tối thiểu trên sông được giám sát, có lộ trình giám sát tự động, trực tuyến phù hợp, 100% hộ gia đình ở thành thị và 80% hộ gia đình ở nông thôn được sử dụng nước sạch theo quy chuẩn và 100% đô thị có hệ thống xử lý nước thải.
Với Sông Mã, nơi có lưu vực rộng 17.653 km2, gồm các tỉnh Điện Biên, Sơn La, Hoà Bình, Thanh Hóa và Nghệ An, Quy hoạch đặt mục tiêu khoảng 60% các vị trí duy trì dòng chảy tối thiểu trên sông được giám sát, có lộ trình giám sát tự động, trực tuyến phù hợp, khoảng 80% công trình khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước được giám sát vận hành và kết nối hệ thống, khoảng 50% tổng lượng nước thải tại các đô thị loại II trở lên và 20% từ các đô thị từ loại V trở lên được thu gom, xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật trước khi xả ra môi trường.
Theo đại diện Bộ Tài nguyên và Môi trường, một số điểm mới của các quy hoạch tổng hợp lưu vực sông lần này như xây dựng kịch bản nguồn nước trên lưu vực sông và lập phương án điều hòa, phân phối tài nguyên nước khi dự báo xảy ra hạn hán thiếu nước trên lưu vực sông.
Thực hiện phân vùng chức năng nguồn nước , làm căn cứ lựa chọn các giải pháp bảo vệ nguồn nước, cải tạo, phục hồi các nguồn nước bị suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm, đồng thời là căn cứ để quyết định việc chấp thuận, phê duyệt, cấp phép cho các dự án có xả nước thải vào nguồn nước theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.