So với chương trình hiện hành, chương trình phổ thông mới có rất nhiều điểm thay đổi theo hướng trang bị năng lực, phẩm chất cho các học sinh. Vì thế, chương trình mỗi môn học cũng thay đổi mạnh mẽ để đáp ứng yêu cầu này. Các môn học theo chương trình mới sẽ được phân chia thành 2 loại: Môn học, hoạt động bắt buộc và môn học tự chọn.
Cụ thể, ở cấp tiểu học, các môn học bắt buộc gồm: Tiếng Việt, Toán, Ngoại ngữ 1, Giáo dục lối sống, Đạo đức, Tự nhiên và xã hội, Lịch sử và Địa lý, Khoa học, Tin học và Công nghệ, Giáo dục thể chất, Nghệ thuật.
Môn học tự chọn là Tiếng dân tộc thiểu số và Ngoại ngữ 1 (đối với lớp 1 và 2).
Ở cấp THCS, các môn học bắt buộc: Ngữ văn, Toán, Ngoại ngữ 1, Giáo dục công dân, Khoa học tự nhiên, Lịch sử và Địa lý, Tin học, Công nghệ, Giáo dục thể chất, Nghệ thuật.
Môn học tự chọn: Tiếng dân tộc thiểu số, Ngoại ngữ 2.
Ở cấp THPT, các môn học bắt buộc: Ngữ văn, Toán, Ngoại ngữ 1, Giáo dục thể chất, Giáo dục quốc phòng và an ninh.
Các môn học được lựa chọn: theo nhóm Khoa học Xã hội (gồm các môn Giáo dục kinh tế và pháp luật, Lịch sử, Địa lý), nhóm Khoa học Tự nhiên (gồm các môn Vật lý, Hóa học, Sinh học), nhóm Công nghệ và Nghệ thuật (gồm Công nghệ, Tin học, Nghệ thuật).
Các môn học tự chọn: Tiếng dân tộc thiểu số, Ngoại ngữ 2.
Đặc biệt, hoạt động giáo dục bắt buộc xuyên suốt tất cả các cấp học là Hoạt động trải nghiệm.
Giáo sư Nguyễn Minh Thuyết, Tổng Chủ biên chương trình phổ thông mới, nói thêm đây là chương trình phát triển toàn diện phẩm chất năng lực của người học, nên trước hết những người làm chương trình phải phân giải được năng lực chuyên môn của từng môn học là cái gì để từ đó xác định mức độ học sinh cần đạt ở mỗi lớp, mỗi cấp học
Điểm mới thứ hai là chương trình mới có tính phân hóa rõ rệt hơn so với chương trình hiện hành. Có thể nói sự phân hóa đã được thực hiện ngay từ tiểu học.
Chương trình mới chủ trương phân hóa và càng ở các cấp học cao, phân hóa càng sâu. Đến cấp trung học phổ thông, sự phân hóa sâu nhất, tức là phân hóa theo định hướng nghề nghiệp của học sinh. Học sinh không phải học tất cả các môn nữa mà tập trung vào một số môn theo nguyện vọng và theo định hướng nghề nghiệp của mình.
Điểm thứ ba là tính tích hợp cao. Phải dạy tích hợp vì kiến thức của nhân loại ngày càng nhiều. Nếu tách từng môn ngay từ bậc tiểu học và trung học cơ sở thì học sinh sẽ học quá sâu về môn đó, vừa quá tải vừa khó cho học sinh tổng hợp kiến thức để vận dụng trong cuộc sống.
Tiểu học nhiều môn tích hợp hơn, trung học cơ sở có tích hợp nhưng ở mức độ khác hơn, có tách môn. Bậc trung học phổ thông thì sự tích hợp chỉ ở mức liên hệ, các môn tách riêng. Điều này phù hợp với khả năng nhận thức của người học.
Điểm mới thứ tư của các chương trình môn học là tăng cường tính thiết thực, tính thực hành. Trước nay, chúng ta vẫn nói học đi đôi với hành, lý luận gắn với thực tiễn. Nhưng trên thực tế, có nhiều môn càng ngày càng xa với thực tiễn, học sinh học xong không biết làm gì.
Chương trình môn học mới sẽ chọn những nội dung thực sự cần thiết cho con người. Bên cạnh đó là tăng tính thực hành lên. Học sinh học thông qua thực hành chứ không thuần túy qua sự truyền giảng của các thầy cô.