Đại diện Cục thuế Hà Nội thừa nhận, thực tế hiện nay các đơn vị được giao đất, không thu tiền sử dụng đất nhưng có sử dụng một phần vào liên doanh liên kết để sản xuất kinh doanh khá phổ biến. Những đơn vị này đều không kê khai và không làm thủ tục chuyển sang thuê đất theo quy định của pháp luật. Về trách nhiệm để xảy ra tình trạng này, trước hết thuộc về chính quyền địa phương và cơ quan Tài nguyên môi trường chậm trễ trong việc chuyển thông tin đến cơ quan thuế quản lý tạm tính, nộp tiền thuê đất.
Đối với Khu LHTTQG Mỹ Đình, Cục thuế đã thành thành lập Ban chỉ đạo và ban hành kế hoạch tăng cường công tác quản lý thu tiền thuê đất để rà soát kịp thời phát hiện đưa vào quản lý các đối tượng này từ 6/2017. Trên cơ sở đó đã phát hiện ra ngoài các Hợp đồng cho thuê dài hạn (phải chuyển sang thuê đất, ký HĐTĐ) đã đưa vào sổ quản lý thu thì KLHTTQG còn có các Hợp đồng cho thuê ngắn hạn (3 tháng, 6 tháng..) nhưng chưa kê khai nộp tiền thuê đất.
Cụ thể, Chi cục Thuế quận Nam Từ Liêm đã ra thông báo tạm thu thuế đối với phần thuê dài hạn gồm 5 địa điểm với tổng số tiền phải nộp là 43 tỷ đồng. Đã nộp 15,7 tỷ; còn nợ 27,2 tỷ đồng. Đối với phần thuê ngắn hạn gồm 18 điểm đất trên 3 khu đất, Chi cục thuế đã ra thông báo thu của năm 2017 là 45,4 tỷ đồng, đến nay đơn vị chưa nộp. Như vậy đến 31/8/2018, tổng nợ lũy kế là: 69 tỷ đồng.
Đối với kiến nghị của Khu LHTTQG về việc không thể tính thuế đất cho thuê ngắn hạn 3 - 6 tháng như đất dài hạn bởi kinh doanh café, quán phở hiệu quả không cao. Bên thuế tính cả phần đất tạo cảnh quan, cây xanh là chưa hợp lý. Đại diện Cục thuế Hà Nội cho biết, Cục thuế sẽ phối hợp với Sở TNMT rà soát lại diện tích tính tiền thuê đất sau khi có văn bản báo cáo rà soát lại của Khu liên hợp.
Ngoài ra, liên ngành cũng đã thống nhất có báo cáo UBND Thành phố Hà Nội về việc tạm dừng truy thu tiền thuê đất đối với các hợp đồng ngắn hạn. Trong đó đề nghị KLHTTQG khẩn trương báo cáo Bộ Văn hóa thể thao và Du lịch, phối hợp cùng Bộ Tài chính, thống nhất báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định việc miễn giảm tiền thuê đất theo quy định và thẩm quyền tại Khoản 10, Điều 19, Nghị định 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước.
“Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định miễn tiền thuê đất đối với các trường hợp khác do Bộ Tài chính trình trên cơ sở đề xuất của Bộ Trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch UBND cấp tỉnh”.
Sau khi có ý kiến của Thủ tướng Chính phủ, UBND Thành phố sẽ chỉ dạo các ngành, chức năng thực hiện thực hiện theo chỉ đạo. Trường hợp Thủ tướng Chính phủ không đồng ý, UBND Thành phố sẽ tiếp tục truy thu tiền thuê đất từ năm 2012 đến năm 2017 và xử lý phạt chậm nộp (nếu có) theo quy định. Cục thuế Hà Nội cho biết, sẽ tiếp tục thực hiện sau khi có chỉ đạo của UBND TP.