Theo tờ trình, cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIV (nhiệm kỳ 2016-2021) sẽ vẫn giữ nguyên 18 Bộ, 4 cơ quan ngang Bộ như bộ máy tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ 2011-2016.
Cụ thể gồm: Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Ngoại giao, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp, Bộ Kế hoạch - Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Công Thương, Bộ NN&PTNT, Bộ Giao thông - Vận tải.
Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên – Môi trường, Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ LĐ-TB&XH, Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch, Bộ Khoa học – Công nghệ, Bộ Giáo dục Đào tạo, Bộ Y tế.
4 cơ quan ngang Bộ gồm: Ủy ban Dân tộc, Ngân hàng Nhà nước, Thanh tra Chính phủ, Văn phòng Chính phủ.
Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc nêu rõ, thực tiễn hoạt động thời gian qua cho thấy, cơ cấu tổ chức Chính phủ nhiệm kỳ 2011-2016 cơ bản phù hợp. Chính phủ đã hoàn thành chức năng, nhiệm vụ được giao.
Tờ trình cũng nêu rõ, để tổ chức thực hiện, sau khi Quốc hội có Nghị quyết về cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIV, Chính phủ sẽ ban hành Nghị định khung về cơ cấu, quyền hạn, chức năng nhiệm vụ của các Bộ, cơ quan ngang Bộ; kiện toàn bộ máy của các bộ, cơ quan ngang bộ, bảo đảm thu gọn đầu mối, giảm cấp trung gian.
Chính phủ cũng sẽ sửa đổi, bổ sung quy chế làm việc theo quy định của Hiến pháp, Luật Tổ chức Chính phủ và các luật liên quan, đáp ứng yêu cầu thực tiễn.
Phân định rõ trách nhiệm, phạm vi và cách thức giải quyết công việc của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các Phó Thủ tướng Chính phủ và các thành viên khác của Chính phủ.
Đổi mới phương thức lãnh đạo, quản lý điều hành trên cơ sở đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, xây dựng Chính phủ điện tử.
Theo đánh giá của Chính phủ, qua 5 năm hoạt động, cơ cấu bộ máy tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ 2011-2016 đã đảm bảo tính thống nhất, thông suốt, giảm tối đa tình trạng chồng chéo giữa các bộ ngành, các lĩnh vực, đáp ứng tốt hơn nhu cầu quản lý, điều hành phát triển kinh tế xã hội của đất nước.
Cùng đó, Chính phủ cũng đã tăng cường phân cấp xuống các địa phương, đảm bảo tính thống nhất và phù hợp với đặc thù của từng địa phương.
Tuy nhiên bên cạnh đó cũng còn một số hạn chế nhất định. Đến nay vẫn còn một số lĩnh vực phân công chưa rõ ràng, công tác phối hợp liên ngành chưa chặt chẽ do có sự giao thoa trong phân công trách nhiệm ở một số lĩnh vực chưa hợp lý, chưa rõ ràng, dẫn đến khó quy trách nhiệm cụ thể khi xảy ra sự cố.
Tiếp theo đó, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật Nguyễn Khắc Định đã đọc báo cáo thẩm tra của Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Theo đó, Ủy ban thống nhất với tờ trình của Thủ tướng về số lượng các Bộ, cơ quan ngang Bộ trực thuộc Chính phủ nhiệm kỳ 2016 - 2021.