Chính phủ duy trì 4 bộ: Bộ Công an; Bộ Tư pháp; Bộ Công Thương; Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch và 3 cơ quan ngang bộ: Văn phòng Chính phủ; Thanh tra Chính phủ; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Chính phủ sẽ cơ cấu, sắp xếp và hợp nhất 15 bộ, cơ quan ngang bộ. Trong đó, sáp nhập Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính. Tên Bộ sau sắp xếp dự kiến là Bộ Tài chính và Đầu tư phát triển hoặc Bộ Kinh tế phát triển.
Sáp nhập Bộ Giao thông vận tải và Bộ Xây dựng . Tên Bộ sau sắp xếp dự kiến là Bộ Hạ tầng và Đô thị.
Sáp nhập Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Tên Bộ sau sắp xếp dự kiến là Bộ Nông nghiệp và Tài nguyên, Môi trường. Việc sáp nhập 2 bộ này sẽ khắc phục được một số giao thoa trong thực hiện nhiệm vụ quản lý về nguồn nước, lưu vực sông và đa dạng sinh học.
Sáp nhập Bộ Thông tin và Truyền thông và Bộ Khoa học và Công nghệ. Tên Bộ sau sắp xếp dự kiến là Bộ Chuyển đổi số và Khoa học, Công nghệ hoặc Bộ Chuyển đổi số, Khoa học, Công nghệ và Thông tin.
Sáp nhập Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội và Bộ Nội vụ thành Bộ Nội vụ và Lao động và chuyển chức năng quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp sang Bộ Giáo dục và Đào tạo, chuyển chức năng quản lý nhà nước về bảo trợ xã hội, trẻ em, phòng, chống tệ nạn xã hội sang Bộ Y tế.
Bộ Y tế tiếp nhận một số nhiệm vụ của Ban Bảo vệ chăm sóc sức khỏe Trung ương (khi Ban này kết thúc hoạt động); đồng thời, dự kiến tiếp nhận quản lý nhà nước về: bảo trợ xã hội; trẻ em; phòng, chống tệ nạn xã hội từ Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội chuyển sang.
Bộ Ngoại giao tiếp nhận nhiệm vụ chính của Ban Đối ngoại Trung ương, Ủy ban Đối ngoại Quốc hội khi hai đơn vị này kết thúc hoạt động.
Bộ Quốc phòng sẽ thực hiện việc sắp xếp đầu mối tổ chức bên trong theo quyết định của Bộ Chính trị. Ban Quản lý Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh được chuyển về Bộ Quốc phòng trực tiếp quản lý, nằm trong cơ cấu tổ chức của Bộ này.
Bộ Nội vụ chủ động xây dựng phương án sắp xếp Học viện Hành chính Quốc gia theo hướng sáp nhập vào Học viện Chính trị Quốc gia Hồ Chí Minh; đồng thời chủ trì, phối hợp với Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội xây dựng đề án sáp nhập Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội với Bộ Nội vụ (sau khi chuyển một số chức năng sang Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Y tế); phối hợp với Ủy ban Dân tộc chuyển chức năng, nhiệm vụ của Ban Tôn giáo Chính phủ về Ủy ban Dân tộc.
Ủy ban Dân tộc tiếp nhận Ban Tôn giáo Chính phủ từ Bộ Nội vụ và tiếp nhận chức năng, nhiệm vụ về giảm nghèo từ Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội.
Bộ trưởng Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà cho biết, theo định hướng của Ban Chỉ đạo Trung ương về tổng kết việc thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW, sau khi sắp xếp, sáp nhập, tổ chức bộ máy của Chính phủ giảm 5 bộ, 4 cơ quan thuộc Chính phủ. Như vậy, bộ máy của Chính phủ sẽ được tinh gọn từ 30 xuống còn 21 đầu mối (giảm 9 đầu mối) gồm: 13 bộ, 4 cơ quan ngang bộ và 4 cơ quan thuộc Chính phủ.