Thứ nhất, tại thỏa thuận chuyển nhượng cổ phần Công nghiệp Cao Su: Nguyễn Cao Trí (và những người đứng tên hộ) chuyển nhượng 65% vốn cổ phần tại Công nghiệp Cao su cho Trương Mỹ Lan với giá 45 triệu USD. Theo đó, bà Trương Mỹ Lan đã 3 lần chuyển, tổng số tiền 21,25 triệu USD (gần 477 tỷ đồng).
Thứ hai, tại thoả thuận bán vốn cổ phần Du lịch Đại Ninh: Nguyễn Cao Trí bán 100% vốn cổ phần tại Du lịch Đại Ninh cho Trương Mỹ Lan với giá trị 3.000 tỷ đồng. Theo đó, Trương Mỹ Lan đã đặt cọc 1 triệu USD và 127 tỷ đồng.
Thứ ba, tại việc đầu tư tại dự án huyện Hải Hà Quảng Ninh: Tập đoàn Bến Thành Holdings của Nguyễn Cao Trí được UBND tỉnh Quảng Ninh chấp thuận chủ trương triển khai dự án. Để tham gia, Trương Mỹ Lan thoả thuận với Trí thanh toán theo tiến độ, 2 lần chuyển tổng số tiền 9,5 triệu USD (220 tỷ đồng). Sau đó Trương Mỹ Lan không tiếp tục tham gia và thỏa thuận với Trí chuyển thành thanh toán 10% vốn điều lệ của Giáo dục Văn Lang.
Cáo trạng ghi nhận, hai bên nhận nhiều tiền nhưng không có giấy tờ biên nhận, đến tháng 1/2021 Nguyễn Cao Trí và Trương Mỹ Lan gặp nhau tại nhà hàng Ngân Đình (tòa nhà Times Square) thống nhất các khoản Lan đã chuyển cho Trí tổng cộng hơn 1.000 tỷ đồng. Trí sau đó soạn thảo văn bản, yêu cầu những người đứng tên hộ chuyển nhượng số cổ phần và hợp đồng cho người được Trương Mỹ Lan nhờ đứng tên là Hồ Quốc Minh.
Khị vụ án bị khởi tố, Nguyễn Cao Trí đã chỉ đạo điều chỉnh các văn bản và thanh lý hợp đồng hợp tác đầu tư… Đồng thời ngày 23/10/2022 hẹn gặp Hồ Quốc Minh tại sân bay Tân Sơn Nhất trước khi Minh ra nước ngoài chữa bệnh, yêu cầu ký hồ sơ thanh lý hợp đồng đã soạn thảo nêu trên.
Tuy nhiên, trong quá trình làm việc với cơ quan điều tra, Nguyễn Cao Trí không thừa nhận đã nhận tiền của Trương Mỹ Lan. Nguyễn Cao Trí khai việc gặp Hồ Quốc Minh sở sân bay là tình cờ, không giao giấy tờ, tài liệu gì.
Trong đó, Hồ Quốc Minh là người được Trương Mỹ Lan nhờ đứng tên cổ phần, nhưng hiện đã xuất cảnh nên chưa đủ tài liệu, chứng cứ xác thực vai trò đồng phạm. Trương Mỹ Lan cũng đã có đơn yêu cầu làm rõ, xử lý hành vi của Nguyễn Cao Trí chiếm đoạt tài sản của Lan và thu hồi 1.000 tỷ đồng.
Khám xét người, nơi làm việc của Nguyễn Cao Trí, cơ quan điều tra thu giữ gần 94 tỷ đồng gồm hơn 3,13 triệu USD và số tiền 1,7 tỷ đồng; gia đình bị can Nguyễn Cao Trí nộp khắc phục hậu quả vụ án gần 641 tỷ đồng. Ngoài ra cơ quan điều tra đã kê biên 7 bất động sản.
Hiện, Hồ Quốc Minh đã ra nước ngoài, nên việc Nguyễn Cao Trí không thừa nhận những giao dịch với Trương Mỹ Lan, cơ quan cảnh sât điều tra dùng phương thức xác nhận chữ ký, song bị can Nguyễn Cao Trí vẫn chưa nhận tội.