Trong bốn ngày làm việc, hội nghị đã thảo luận, cho ý kiến hoàn thiện hàng loạt quy chế, quy định làm cơ sở cho trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Ủy ban Kiểm tra Trung ương cũng như từng vị lãnh đạo cao cấp nhất của Đảng, Nhà nước làm tốt hơn chức trách của mình.
Cụ thể, quy chế làm việc của BCH Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư khóa XII đã được sửa đổi, bổ sung một số điểm mới, đặc biệt về trách nhiệm và quyền hạn của Bộ Chính trị trong nhiệm vụ định hướng, quan điểm, mục tiêu và một số giải pháp lớn về phát triển kinh tế-xã hội, đáp ứng yêu cầu bức thiết của cuộc sống trên một số lĩnh vực cụ thể.
Đồng thời bổ sung một số điểm mới về việc chuẩn bị tiến hành Hội nghị BCH Trung ương, hội nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư; lãnh đạo, chỉ đạo đối với cơ quan nhà nước, MTTQ Việt Nam và các đoàn thể chính trị-xã hội; chế độ sơ kết, tổng kết, tự phê bình và phê bình, chế độ đi công tác cơ sở...
Quy chế làm việc của Ủy ban Kiểm tra Trung ương kế thừa về cơ bản nội dung quy chế làm việc của Ủy ban Kiểm tra Trung ương khóa trước, đồng thời sửa đổi, bổ sung một số điểm về trách nhiệm, quyền hạn của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, trong đó có việc kiểm tra, giám sát về kê khai tài sản của cán bộ thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý.
Phát biểu trong phiên bế mạc, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng khẳng định thực hiện tốt các quy chế này sẽ góp phần phát huy tốt hơn nữa dân chủ trong sinh hoạt của BCH Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Ủy ban Kiểm tra Trung ương, đồng thời giữ nghiêm kỷ luật, kỷ cương trong Đảng.
Trung ương cũng thống nhất, ban hành quy định thi hành Điều lệ Đảng, quy định về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật đảng.
So với quy định hiện hành, trung ương khóa XII đã thống nhất việc bổ sung, hướng dẫn cụ thể, rõ hơn về các vấn đề như: thẩm quyền thi hành kỷ luật của chi bộ; về phân cấp trong xem xét, giải quyết khiếu nại; về điều kiện chỉ định đảng viên ngoài đảng bộ tham gia cấp ủy; về công tác kiểm tra, giám sát của các tổ chức đảng, về thi hành kỷ luật và biểu quyết kỷ luật, về khiếu nại, kỷ luật đảng...
Về công tác nhân sự của Nhà nước, Hội nghị Trung ương 3 thống nhất cao với tờ trình của Bộ Chính trị về việc giới thiệu nhân sự để Quốc hội khóa mới bầu hoặc phê chuẩn theo quy định.
Đối với các chức danh Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Quốc hội và các chức danh lãnh đạo khác của các cơ quan nhà nước đã được Hội nghị Trung ương 2 khóa XII (họp tháng 3-2016) bỏ phiếu giới thiệu hoặc cho ý kiến thông qua, BCH Trung ương nhất trí tiếp tục đề xuất, giới thiệu.
Đồng thời đã ghi phiếu giới thiệu đối với các chức danh chưa lấy phiếu giới thiệu tại Hội nghị Trung ương 2 và các chức danh có dự kiến thay đổi so với lần trước để Bộ Chính trị chính thức giới thiệu đề nghị Quốc hội xem xét, bầu hoặc phê chuẩn tại Kỳ họp thứ nhất, Quốc hội khóa XIV theo quy định của pháp luật.