Ngày 25/6, căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an khởi tố vụ án hình sự "Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" xảy ra tại thành phố Hà Nội và các tỉnh, thành phố khác; đồng thời, ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét chỗ ở đối với ông Nguyễn Văn Yên, nguyên Phó Trưởng ban Ban Nội chính Trung ương, sinh năm 1966; chỗ ở: Phường Phú Thượng, quận Tây Hồ, thành phố Hà Nội để điều tra về tội "Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" quy định tại Điều 337 Bộ luật Hình sự.
Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã thực hiện tống đạt Quyết định khởi tố bị can, thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam, khám xét chỗ ở đối với bị can Nguyễn Văn Yên.
Hiện, vụ án đang được Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an tiếp tục điều tra, làm rõ để xử lý theo quy định của pháp luật.
Ông Nguyễn Văn Yên, sinh ngày 3/2/1966, quê quán tại xã Hoàng Kim, huyện Mê Linh, Hà Nội. Ông từng đảm nhiệm các chức vụ Phó Vụ trưởng phụ trách Vụ Theo dõi và xử lý các vụ án, Vụ trưởng Vụ Theo dõi và xử lý các vụ án, vụ việc thuộc Ban Nội chính Trung ương.
Ngày 28/1/2022, Ban Bí thư Trung ương Đảng bổ nhiệm ông Nguyễn Văn Yên giữ chức Phó trưởng Ban Nội chính Trung ương.
Ngày 19/6/2024, Ban Bí thư đã quyết định kỷ luật cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng đối với ông Nguyễn Văn Yên do thiếu tu dưỡng, rèn luyện, suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, vi phạm quy định của Đảng và pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước, kê khai tài sản, thu nhập, hôn nhân và gia đình, vi phạm Quy định những điều đảng viên không được làm và trách nhiệm nêu gương, gây hậu quả rất nghiêm trọng, dư luận bức xúc, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, cơ quan, đơn vị công tác.