Nhiều trầm tích ở lòng sông thượng lưu và hồ chứa Tam Hiệp
Trầm tích ngày càng tăng là một trong những "thảm họa" chính của đập Tam Hiệp. Sau khi đập Tam Hiệp được xây dựng và mực nước ở thượng nguồn nâng lên, dòng chảy ở thượng nguồn chậm hơn trước. Theo đó, cát và đá không thể đổ xuống kịp thời nên bị chất đống trong lòng sông và hồ chứa. Khi thời gian trôi qua, lòng sông ở thượng nguồn sẽ được nâng lên ngày càng cao, dẫn đến lũ lụt dễ dàng xảy ra hơn.
Mối đe dọa đối với các hạ lưu sông và đồng bằng sông Dương Tử
Do sự bồi lắng ở thượng nguồn, nước làm xói mòn bờ sông hạ lưu dễ dàng hơn. Trong tình huống như vậy, các bờ sông dễ sạt lở hơn. Đó là một mối nguy hiểm lớn đối với cả người dân và đất nước Trung Quốc, đặc biệt là khi có lũ lụt. Ngoài ra, ít trầm tích hơn còn làm cho vùng cửa sông Dương Tử co lại và nước biển xâm lấn vào bờ. Trong quá khứ, Thượng Hải ở cửa sông Dương Tử vốn lấn trung bình 40m ra biển; nhưng giờ đây, ngược lại thành phố lại phải đối mặt với mối đe dọa từ đại dương.
Nhiều sinh vật dưới nước đang bị đe dọa
Từ khi có đập Tam Hiệp, nhiều loài cá không thể vượt qua Tam Hiệp và di cư như trước, và do đó thói quen sống và di truyền của chúng thay đổi. Trong khi đó, nơi sinh sản của một số loài cá ở sông Dương Tử giờ đây đã bị hồ chứa Tam Hiệp lấn chiếm. Một số sinh vật nước quý hiếm sống ở Dương Tử đã tuyệt chủng hoặc đứng trước nguy cơ tuyệt chủng, chẳng hạn như cá trích Dương Tử và cá tầm Trung Quốc.
Thảm họa địa chất gia tăng
Khi việc xây dựng đập Tam Hiệp buộc môi trường địa chất xung quanh thay đổi, thảm họa địa chất xảy ra thường xuyên hơn ở khu vực hồ chứa. Sạt lở, dòng chảy mảnh và động đất là những vấn đề phổ biến. Các khu vực thảm họa cũng có thể tăng thêm 4.000 điểm.
Biến đổi khí hậu của lưu vực sông Dương Tử
Có đập Tam Hiệp, lượng nước ở thượng nguồn lớn hơn nhiều, nhưng diện tích các hồ và vùng đất ngập nước ở hạ lưu giảm xuống. Lượng nước nhiều hơn, nhiều nước bốc hơi. Tương tự, ít nước, ít bay hơi. Sự thay đổi trên tác động đến vi khí hậu của lưu vực sông Dương Tử. Do đó, tình trạng hạn hán, lũ lụt và nhiệt độ dọc theo sông Dương Tử cũng thay đổi so với trước đây. Ví dụ, trong phạm vi của 1-2 km của hồ chứa Tam Hiệp, nhiệt độ trung bình hàng năm tăng bằng 0,1-0,2 độ C, nhiệt độ trung bình vào mùa đông và mùa xuân tăng 0,3-1,3 độ C, nhưng vào mùa hè giảm 0,9-1,2 độ C.
Rất nhiều di tích văn hóa và di tích lịch sử đã bị nhấn chìm
Để xây dựng đập Tam Hiệp, một số lượng lớn các di tích lịch sử và các di tích văn hóa đã bị nhấn chìm hoặc ngập một phần, bao gồm hơn 60 địa điểm của Thời đại Cổ sinh, hơn 80 địa điểm Thời đại đồ đá mới và hơn 470 di tích lịch sử từ thời nhà Hán (202 TCN - 220 sau Công nguyên ) đến nhà Minh (1368 - 1644 sau Công Nguyên)... Đây được xem là một thảm họa đập Tam Hiệp không thể xóa nhòa và một sự mất mát lớn về văn hóa của nền văn minh cổ đại Trung Quốc.
Sự lây lan của bệnh sán máng về phía tây
Bệnh sán máng là một loại bệnh ký sinh trùng gây nguy hiểm nghiêm trọng cho sức khỏe con người. Trước đây, bệnh sán máng chỉ xảy ra ở vùng hạ lưu của sông Dương Tử, vì ốc sông mang mầm bệnh sán máng không thể tồn tại trong nước chảy xiết ở thượng nguồn. Bây giờ, nước trong hồ chứa Tam Hiệp chảy nhẹ nhàng, cung cấp điều kiện sống lý tưởng cho ốc sông. Do đó bệnh sán máng lây lan về phía tây đến khu vực Tam Hiệp, tỉnh Trùng Khánh và Tứ Xuyên.
Cuộc di cư lớn của hơn 1,2 triệu con người
Di cư là một trong những vấn đề lớn nhất của đập Tam Hiệp. Sau khi hồ chứa bắt đầu trữ nước, khoảng 129 thành phố và thị trấn bị ngập lụt. Theo đó, hơn 1,2 triệu người ở Hồ Bắc và Trùng Khánh cần phải di cư theo đợt. Họ phải rời quê hương, nơi "chôn rau cắt rốn", để bắt đầu cuộc sống mới ở một nơi xa lạ.