Từ cấp độ U19, U23 cho đến ĐTQG, Công Phượng luôn biết cách chọc thủng lưới Malaysia. Tính cho đến trước trận chung kết AFF Cup 2018, tiền đạo xứ Nghệ đã góp công vào 7 bàn thắng (ghi 5 bàn, kiến tạo 2) trước các đội tuyển Malaysia.
Tại vòng loại U23 châu Á 2016, Công Phượng có trận đấu xuất thần ngay trên đất Malaysia, ghi 1 bàn và kiến tạo 1 bàn cho Huy Toàn, giúp U23 Việt Nam thắng 2-1.
Đến SEA Games 2015, Phượng tiếp tục là "hung thần" của người Mã. Khi 2 đội chạm trán tại vòng bảng, cầu thủ khoác áo HAGL lập một cú đúp và đem về 2 quả penalty, góp công lớn trong chiến thắng 5-1.
Trận giao hữu đầu năm 2017 tiếp tục cho thấy cái duyên của Công Phượng với Malaysia. U23 Việt Nam thắng 3-0, riêng Phượng ghi 1 bàn và kiến tạo 1.
Mới đây ở vòng bảng AFF Cup 2018, tiền đạo xứ Nghệ là người mở tỉ số trong chiến thắng 2-0 của ĐT Việt Nam trước Malaysia.
Vòng bảng AFF Cup 2018: Việt Nam 2-0 Malaysia (nguồn: Next Media)
Hi vọng rằng anh sẽ một lần nữa làm nên chuyện trong trận chung kết lượt đi AFF Cup để giúp Việt Nam tiến gần hơn tới chức vô địch.